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J-GLOBAL ID：201702275185820659   整理番号：17A0598648

ParFit:分子力学パラメータをab initioデータに適合させるためのPythonベースのオブジェクト指向プログラム

ParFit: A Python-Based Object-Oriented Program for Fitting Molecular Mechanics Parameters to ab Initio Data

著者 (5件)： ZAHARIEV Federico (Iowa State Univ., Iowa, USA) ,  DE SILVA Nuwan (Iowa State Univ., Iowa, USA) ,  GORDON Mark S. (Iowa State Univ., Iowa, USA) ,  WINDUS Theresa L. (Iowa State Univ., Iowa, USA) ,  DICK-PEREZ Marilu (Iowa State Univ., Iowa, USA)
資料名： Journal of Chemical Information and Modeling  (Journal of Chemical Information and Modeling)
巻： 57  号： 3  ページ： 391-396  発行年： 2017年03月 
JST資料番号： A0294A  ISSN： 1549-9596  CODEN： JCISD8  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： ParFitと呼ばれる新しいオブジェクト指向パイソン(Python)プログラムのオブジェクト指向デザイン,ファイル,コード構造,アルゴリズム,および機能について記述した。このプログラムはab initioのエネルギープロファイルを再生成するため,分子力学(MM)フィッテイングプロセスを自動化している。ParFitは,迅速にプロトタイピングする新しいパラメータフィッテイングアルゴリズムを目的としている。フィッテイングプロセスは,現在,ネルダー-ミード シンプレックス(NM)法や遺伝的アルゴリズム(GA),あるいはその二つのハイブリッドによる,平均二乗誤差(RMSE)の最小化に基づいている。ParFitは,いくつかの分子の遺伝子変数に対応したMMを同時に処理する能力を有し,近代的マルチコアコンピュータシステム上で並列処理される場合よりも,およそ一桁高速である。さらに,ParFitは,最適化されたMMパラメータに対して,対称および非対称の制約を適用することもできる。

シソーラス用語： *オブジェクト指向プログラミング ,  *分子内力学 ,  *パラメータ ,  *計算機アルゴリズム ,  誤差 ,  *最適化 ,  ab initio法 ,  シンプレックス法 ,  遺伝的アルゴリズム
準シソーラス用語： 分子力学法 ,  平均二乗誤差

分類 (1件)： 分子の電子構造  (BH05010Q)

タイトルに関連する用語 (4件)： 分子力学 ,  パラメータ ,  Python ,  オブジェクト指向