文献

J-GLOBAL ID：201702275186352690   整理番号：17A0503559

NGRを含むシクロペプチドからのスクシンイミドの生成:リン酸緩衝液とアルギニン側鎖の触媒的な役割を支持する計算機による証拠

Succinimide Formation from an NGR-Containing Cyclic Peptide: Computational Evidence for Catalytic Roles of Phosphate Buffer and the Arginine Side Chain

著者 (3件)： KIRIKOSHI Ryota (Tohoku Medical and Pharmaceutical Univ., Sendai, JPN) ,  MANABE Noriyoshi (Tohoku Medical and Pharmaceutical Univ., Sendai, JPN) ,  TAKAHASHI Ohgi (Tohoku Medical and Pharmaceutical Univ., Sendai, JPN)
資料名： International Journal of Molecular Sciences (Web)  (International Journal of Molecular Sciences (Web))
巻： 18  号： 2  ページ： WEB ONLY  発行年： 2017年02月 
JST資料番号： U7038A  ISSN： 1422-0067  CODEN： IJMCFK  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： Asn-Gly-Arg(NGR)モチーフとその脱アミド産物であるisoAsp-Gly-Arg(isoDGR)は,腫瘍ターゲティングリガンドとして,最近,大きな注目を集めている。NGRを含むペプチドとその対応するisoDGRを含むペプチドは,異なる受容体を標的とするため,自発的なNGRの脱アミドは,2重の標的化法として用いることができる。Asnの脱アミドがスクシンイミド誘導体を経由して進行することは,良く知られている。本研究では,環状ペプチドであるc[CH₂CO-NGRC]-NH₂からのスクシンイミド形成の機構を,計算機により調べたが,このペプチドは,リン酸緩衝液中で迅速な脱アミドを起こすことが,最近示されている。今回の計算には,H₂PO₄^-イオンを取り込んだ。また,密度汎関数理論計算には,B3LYP法を用いた。形状の最適化は気相で行ったが,水和Gibbsエネルギーは,SM8(溶媒和モデル8)連続体モデルにより計算を行った。結果として,五員環テトラヘドラル中間体へつながる経路を見出したが,ここでは,H₂PO₄^-とArg側鎖が,共に触媒として機能していた。この中間体は,五員環のNH₂基がプロトン化されると,容易にNH₃脱離を起こし,スクシンイミドの生成につながる。この研究は,NGR脱アミドにおけるArg側鎖の触媒としての役割を指摘した最初のものである。(翻訳著者抄録)

シソーラス用語： オリゴペプチド ,  *シクロペプチド ,  *酸イミド ,  緩衝液 ,  アミノ酸残基 ,  側鎖 ,  脱アミド ,  アミノ酸 ,  ターゲティング ,  計算 ,  *密度汎関数法 ,  Gibbs自由エネルギー ,  分子構造 ,  化学反応 ,  反応中間体
準シソーラス用語： *スクシンイミド類 ,  リン酸緩衝液 ,  アルギニン残基 ,  イソアスパラギン酸 ,  アスパラギン残基 ,  グリシン残基 ,  腫瘍ターゲティング ,  密度汎関数理論計算 ,  B3LYP法 ,  触媒作用

分類 (3件)： 蛋白質・ペプチド一般  (EB03010N) ,  有機化学反応一般  (CF02010Q) ,  その他の計算機利用技術  (JE14000C)

タイトルに関連する用語 (10件)： シクロペプチド ,  スクシンイミド ,  リン酸緩衝液 ,  アルギニン ,  側鎖 ,  触媒 ,  役割 ,  支持 ,  計算機 ,  証拠