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J-GLOBAL ID：201702275759672143   整理番号：17A0746426

樹木:ゲノム配列の決定と集団ゲノム解析はオウシュウシラカンバの適応度地形を得る手掛かりとなる

Genome sequencing and population genomic analyses provide insights into the adaptive landscape of silver birch

著者 (90件)： SALOJAERVI Jarkko (Univ. Helsinki, Helsinki, FIN) ,  RAJARAMAN Sitaram (Univ. Helsinki, Helsinki, FIN) ,  SAFRONOV Omid (Univ. Helsinki, Helsinki, FIN) ,  SAFDARI Pezhman (Univ. Helsinki, Helsinki, FIN) ,  LAMMINMAEKI Airi (Univ. Helsinki, Helsinki, FIN) ,  IMMANEN Juha (Univ. Helsinki, Helsinki, FIN) ,  AMIRYOUSEFI Ali (Univ. Helsinki, Helsinki, FIN) ,  ESWARAN Gugan (Univ. Helsinki, Helsinki, FIN) ,  SERRA Juan Alonso (Univ. Helsinki, Helsinki, FIN) ,  BLOKHINA Olga (Univ. Helsinki, Helsinki, FIN) ,  BLOMSTER Tiina (Univ. Helsinki, Helsinki, FIN) ,  BROSCHE Mikael (Univ. Helsinki, Helsinki, FIN) ,  CUI Fuqiang (Univ. Helsinki, Helsinki, FIN) ,  EHONEN Sanna E (Univ. Helsinki, Helsinki, FIN) ,  FAGERSTEDT Kurt V (Univ. Helsinki, Helsinki, FIN) ,  GAUTHIER Adrien (Univ. Helsinki, Helsinki, FIN) ,  LEPPAELAE Johanna (Univ. Helsinki, Helsinki, FIN) ,  OVERMYER Kirk (Univ. Helsinki, Helsinki, FIN) ,  SHAPIGUZOV Alexey (Univ. Helsinki, Helsinki, FIN) ,  SIERLA Maija (Univ. Helsinki, Helsinki, FIN) ,  SIPILAE Timo P (Univ. Helsinki, Helsinki, FIN) ,  VAATTOVAARA Aleksia (Univ. Helsinki, Helsinki, FIN) ,  VAHALA Jorma (Univ. Helsinki, Helsinki, FIN) ,  WELLING Annikki (Univ. Helsinki, Helsinki, FIN) ,  WRZACZEK Michael (Univ. Helsinki, Helsinki, FIN) ,  XU Enjun (Univ. Helsinki, Helsinki, FIN) ,  HELARIUTTA Ykae (Univ. Helsinki, Helsinki, FIN) ,  KANGASJAERVI Jaakko (Univ. Helsinki, Helsinki, FIN) ,  TANSKANEN Jaakko (Univ. Helsinki, Helsinki, FIN) ,  BROHOLM Suvi (Univ. Helsinki, Helsinki, FIN) ,  HEINO Pekka I (Univ. Helsinki, Helsinki, FIN) ,  HIMANEN Kristiina (Univ. Helsinki, Helsinki, FIN) ,  KOVALCHUK Andriy (Univ. Helsinki, Helsinki, FIN) ,  KAERKOENEN Anna K (Univ. Helsinki, Helsinki, FIN) ,  LIM Kean-Jin (Univ. Helsinki, Helsinki, FIN) ,  MOUHU Katriina (Univ. Helsinki, Helsinki, FIN) ,  MAEHOENEN Ari Pekka (Univ. Helsinki, Helsinki, FIN) ,  PALVA E Tapio (Univ. Helsinki, Helsinki, FIN) ,  PENNANEN Ville (Univ. Helsinki, Helsinki, FIN) ,  TEERI Teemu H (Univ. Helsinki, Helsinki, FIN) ,  SMOLANDER Olli-Pekka (Univ. Helsinki, Helsinki, FIN) ,  IMMANEN Juha (Univ. Helsinki, Helsinki, FIN) ,  JAYAPRAKASH Balamuralikrishna (Univ. Helsinki, Helsinki, FIN) ,  KAMMONEN Juhana I (Univ. Helsinki, Helsinki, FIN) ,  KOSKINEN J Patrik (Univ. Helsinki, Helsinki, FIN) ,  RUONALA Raili (Univ. Helsinki, Helsinki, FIN) ,  PAULIN Lars G (Univ. Helsinki, Helsinki, FIN) ,  AUVINEN Petri (Univ. Helsinki, Helsinki, FIN) ,  NIEMINEN Kaisa (Natural Resources Inst. Finland (Luke), Helsinki, FIN) ,  TANSKANEN Jaakko (Natural Resources Inst. Finland (Luke), Helsinki, FIN) ,  SCHULMAN Alan H (Natural Resources Inst. Finland (Luke), Helsinki, FIN) ,  LAN Tianying (Univ. at Buffalo, New York, USA) ,  ALBERT Victor A (Univ. at Buffalo, New York, USA) ,  RASTAS Pasi (Univ. Cambridge, Cambridge, GBR) ,  HAGQVIST Risto (Natural Resources Inst. Finland (Luke), Laeyliaeinen, FIN) ,  AHONEN Viivi Helena (Univ. Eastern Finland, Kuopio, FIN) ,  BLANDE Daniel (Univ. Eastern Finland, Kuopio, FIN) ,  HALIMAA Pauliina (Univ. Eastern Finland, Kuopio, FIN) ,  KAERENLAMPI Sirpa O (Univ. Eastern Finland, Kuopio, FIN) ,  TERVAHAUTA Arja I (Univ. Eastern Finland, Kuopio, FIN) ,  ASIEGBU Fred O (Univ. Helsinki, Helsinki, FIN) ,  BARAJAS-LOPEZ Juan de Dios (Univ. Turku, Turku, FIN) ,  FUJII Hiroaki (Univ. Turku, Turku, FIN) ,  GOLLAN Peter J (Univ. Turku, Turku, FIN) ,  KANGASJAERVI Saijaliisa (Univ. Turku, Turku, FIN) ,  PUNKKINEN Matleena (Univ. Turku, Turku, FIN) ,  RAHIKAINEN Moona M (Univ. Turku, Turku, FIN) ,  ELOMAA Paula (Univ. Helsinki, Helsinki, FIN) ,  BROSCHE Mikael (Univ. Tartu, Tartu, EST) ,  DARDICK Chris (Agricultural Res. Serv., United States Dep. of Agriculture, West Virginia, USA) ,  HOLLENDER Courtney (Agricultural Res. Serv., United States Dep. of Agriculture, West Virginia, USA) ,  ESCAMEZ Sacha (Umea Univ., Umea, SWE) ,  PUHAKAINEN Tuula (Univ. Helsinki, Helsinki, FIN) ,  KAUPPINEN Leila (Univ. Helsinki, Helsinki, FIN) ,  KELLEHER Colin T (National Botanic Gardens of Ireland, Dublin, IRL) ,  KONTUNEN-SOPPELA Sari (Univ. Eastern Finland, Joensuu, FIN) ,  OKSANEN Elina (Univ. Eastern Finland, Joensuu, FIN) ,  MACPHERSON Lee (King’s Coll. London, London, GBR) ,  MIKOLA Juha (Univ. Helsinki, Helsinki, FIN) ,  NIINEMETS UElo (Estonian Univ. Life Sci., Tartu, EST) ,  PAZOUKI Leila (Estonian Univ. Life Sci., Tartu, EST) ,  POCZAI Peter (Univ. Helsinki, Helsinki, FIN) ,  POSSEN Boy J H M (Natural Resources Inst. Finland (Luke), Helsinki, FIN) ,  ROUSI Matti (Natural Resources Inst. Finland (Luke), Helsinki, FIN) ,  VAN DER SCHOOT Christiaan (Norwegian Univ. Life Sci., As, NOR) ,  SHAPIGUZOV Alexey (Inst. of Plant Physiology, Russian Acad. of Sci., Moscow, RUS) ,  SUTELA Suvi (Univ. Oulu, Oulu, FIN) ,  VETCHINNIKOVA Lidia (Forest Res. Inst. Karelian Res. Centre, Russian Acad. of Sci., Petrozavodsk, RUS) ,  LASCOUX Martin (Uppsala Univ., Uppsala, SWE) ,  HELARIUTTA Ykae (Univ. Cambridge, Cambridge, GBR)
資料名： Nature Genetics  (Nature Genetics)
巻： 49  号： 6  ページ： 904-912  発行年： 2017年06月 
JST資料番号： W0430A  ISSN： 1061-4036  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： オウシュウシラカンバ(Betula pendula)は,北方における樹木の先駆植物であり,開花が1年以内に誘導される。ライフサイクルが早いこと,ゲノムが小さいこと(440Mb),高度な生殖質を持つことから,シラカンバを森林バイオテクノロジーにおける魅力的なモデルとしている。我々は同系交配させたオウシュウシラカンバ個体のゲノムを組み立てた後,染色体上にアンカーした。古代の6倍体化イベントによる遺伝子重複は転写調節を豊かにしたが,縦列重複は環境応答によって多く出現していた。80個体にも基づく集団リシークエンシングから,有効集団サイズは主要な気候変動の時点で落ち込んでいることが分かった。選択的スイープ(選択的一掃)は,発生学的および生理学的に重要な事象を誘導する機能をコードするような配列の,倍数性の重複において多く見られた。このことは,局所的な適応が基本的な植物プロセスの時期やこれらのプロセスのクロストークを調節していることを示唆している。強く連鎖する光応答遺伝子PHYCとFRS10の周辺に見られる変異は,高度や緯度と気温に相関し,PHYCについては降水量とも相関する。同様の関連が見られることが,生長促進サイトカイニン応答レギュレーターARR1,および木質発生遺伝子KAKとMED5Aでも明らかになった。Copyright Nature Japan KK 2017

シソーラス用語： *カバノキ科 ,  *ゲノム ,  *ヌクレオチド配列 ,  染色体 ,  同系交配 ,  六倍体 ,  個体 ,  集団 ,  遺伝学実験技術 ,  気候変動 ,  *適応 ,  応答 ,  遺伝子 ,  気温 ,  降水量 ,  相関 ,  リグニン ,  *地形 ,  突然変異 ,  サイトカイニン ,  系統樹 ,  環境
準シソーラス用語： *Betula pendula ,  *ゲノム配列 ,  シークエンシング ,  光応答 ,  PHYC遺伝子 ,  FRS10遺伝子 ,  ARR1遺伝子 ,  木質 ,  KAK遺伝子 ,  MED5A遺伝子

分類 (2件)： 植物生理学一般  (EH02010Y) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

タイトルに関連する用語 (6件)： 樹木 ,  ゲノム配列 ,  集団 ,  ゲノム解析 ,  適応度地形 ,  手掛かり