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J-GLOBAL ID：201702276227823235   整理番号：17A1567038

解釈調節DNAのための2段階的機構を支持する縮合促進剤の定量的測定と熱力学的モデリング【Powered by NICT】

Quantitative Measurement and Thermodynamic Modeling of Fused Enhancers Support a Two-Tiered Mechanism for Interpreting Regulatory DNA

著者 (11件)： Samee Md. Abul Hassan (Gladstone Institutes, University of California San Francisco, San Francisco, CA 94158, USA) ,  Lydiard-Martin Tara (Department of Systems Biology, Harvard Medical School, Boston, MA 02115, USA) ,  Biette Kelly M. (Department of Systems Biology, Harvard Medical School, Boston, MA 02115, USA) ,  Vincent Ben J. (Department of Systems Biology, Harvard Medical School, Boston, MA 02115, USA) ,  Bragdon Meghan D. (Department of Systems Biology, Harvard Medical School, Boston, MA 02115, USA) ,  Eckenrode Kelly B. (Department of Systems Biology, Harvard Medical School, Boston, MA 02115, USA) ,  Wunderlich Zeba (Department of Developmental and Cell Biology, University of California, Irvine, CA 92697, USA) ,  Estrada Javier (Department of Systems Biology, Harvard Medical School, Boston, MA 02115, USA) ,  Sinha Saurabh (Department of Computer Science, University of Illinois Urbana-Champaign, Urbana, IL 61801, USA) ,  Sinha Saurabh (Carl R. Woese Institute of Genomic Biology, University of Illinois Urbana-Champaign, Urbana, IL 61801, USA) ,  DePace Angela H. (Department of Systems Biology, Harvard Medical School, Boston, MA 02115, USA)
資料名： Cell Reports  (Cell Reports)
巻： 21  号： 1  ページ： 236-245  発行年： 2017年 
JST資料番号： W3124A  ISSN： 2211-1247  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： エンハンサー機能の計算モデルは,一般に,転写因子(TF)は,それらの調節作用を示す独立して,これらのモデルは,複数のエンハンサーを持つ内因性遺伝子座にない「部位のバッグ」としてエンハンサーをモデル化し,「二段階」モデルがより適していることを仮定した:各エンハンサーにおけるTFは独立に動作すると,全発現はそれらの発現読み出しの加重和であった。ここでは,シス制御情報を統合したどのようにこれら二つの対立する見解を試験した。二ショウジョウバエ胚盤葉エンハンサーを融合した,それらの読み出しを測定し,これらのデータに以上の二モデルを適用した。二段階機構はこれらの読み出しに良好に適合し,これらの溶融エンハンサーは複数の独立したモジュールから構成されていることを示唆した,単一エンハンサーの典型的な配列特性を持つにもかかわらず。短距離TF相互作用は,そのようなモジュールを,未知の基礎となる機構を示唆するには十分でないことを示した。著者らの結果は,モジュールを定義するか,その出力を組み合わせたかの機構は解明されていないことを強調する。Copyright 2017 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： ショウジョウバエ ,  計算モデル ,  *モデリング ,  *DNA【核酸】 ,  転写因子 ,  *縮合反応 ,  相互作用 ,  モデル
準シソーラス用語： 胚盤葉 ,  加重 ,  読出し ,  内因性 ,  *熱力学的モデリング , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (8件)： enhancer ,  溶融エンハンサー ,  熱力学モデル ,  エンハンサーレベルモデル ,  部位モデルのバッグ ,  消光モデル ,  遺伝子座レベルモデル ,  2層モデル

分類 (3件)： 遺伝子発現  (EC02040Q) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (8件)： 調節 ,  DNA ,  段階 ,  支持 ,  縮合 ,  促進剤 ,  定量 ,  熱力学的モデリング