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J-GLOBAL ID：201702276393034631   整理番号：17A0707425

ソフトウェアFGENESHを用いてイネ遺伝子を予測した。【JST・京大機械翻訳】

Prediction of Rice Gene by Fgenesh

著者 (5件)： ZHANG Shengli (Key Laboratory of Crop Heterosis;Shaanxi Province/College of Agriculture;Northwest A&F University) ,  LI Dongfang (Key Discipline Open Laboratory on Crop Molecular Breeding of Henan Institute of Higher Learning;Henan Institute of Science and Technology) ,  ZHANG Gaisheng (Key Laboratory of Crop Heterosis;Shaanxi Province/College of Agriculture;Northwest A&F University) ,  WANG Junwei (Key Laboratory of Crop Heterosis;Shaanxi Province/College of Agriculture;Northwest A&F University) ,  NIU Na (Key Laboratory of Crop Heterosis;Shaanxi Province/College of Agriculture;Northwest A&F University)
資料名： Zhongguo Nongye Kexue  (Zhongguo Nongye Kexue)
巻： 41  号： 6  ページ： 1567-1574  発行年： 2008年06月10日 
JST資料番号： W1459A  ISSN： 0578-1752  CODEN： CKNYAR  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： 中国 (CHN)  言語： 中国語 (ZH)

抄録/ポイント： [目的]本研究の目的は,生物学的ゲノム配列アノテーションのための科学的基礎を提供し,配列アノテーションの精度と精度を改善することである。[方法]ジャポニカ(ORYZA SATIVA L. SSP. JAPONICA NIPPONBARE)の長い6番染色体の配列を例として、生物情報学的手段を採用した。FGENESH(V2.0)による単子葉植物のイネ遺伝子の予測を詳細に検討した。[結果]予測された遺伝子の数は注釈の遺伝子数をカバーし、両者の差は大きくない。予測された遺伝子は多エクソン遺伝子を主とし、総遺伝子の77.52%を占める。予測遺伝子の長さの変化幅は大きかった。顕著なマッチング数から見ると、FGENESHは多エクソン遺伝子に対する予測正確性が高く、そのうちTIGRのアノテーション支持度は100%に達し、CDNAの支持度も78%以上であった。FGENESHはエキソンの異なる位置におけるエキソンの予測により、仲介のエクソンと末端のエクソンのCDNAの支持度が高いことが分かった。高支持度の多エクソン遺伝子において、仲介の長さは比較的短く、一方、開始エクソンと末端エクソンは比較的に長い。高支持度の単一エクソン遺伝子の長さは短い。エキソン数から見ると、高支持度の多エクソン遺伝子のエクソン数は主に5以下に集中している。[結論]FGENESHは水稲遺伝子の予測に対して比較的高い正確性があるが、予測結果とCDNAデータベースを配列比較し、CDNAの支持状況によって予測結果を修正する必要がある。Data from the ScienceChina, LCAS. Translated by JST【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： マッチング ,  アノテーション ,  *ソフトウェア ,  単子葉植物 ,  *遺伝子 ,  水稲 ,  精度 ,  *予測 ,  生物学 ,  データベース ,  染色体 ,  バイオインフォマティクス ,  ゲノム配列
準シソーラス用語： 正確性 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： Rice ,  Gene prediction ,  cDNA ,  Annotation ,  Exon

分類 (4件)： 分子遺伝学一般  (EC02010J) ,  稲作  (FC03020C) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  植物の生化学  (EH01050J)

タイトルに関連する用語 (4件)： ソフトウェア ,  イネ ,  遺伝子 ,  予測