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J-GLOBAL ID：201702276610734801   整理番号：17A1376407

大環状化合物の主立体配座サンプリングによる精度,汎用性,速度の改善

Improving Accuracy, Diversity, and Speed with Prime Macrocycle Conformational Sampling

著者 (6件)： SINDHIKARA Dan (Schroedinger, Inc., New York, USA) ,  SPRONK Steven A. (Molecular Discovery Technol., New Jersey, USA) ,  DAY Tyler (Schroedinger, Inc., New York, USA) ,  BORRELLI Ken (Schroedinger, Inc., New York, USA) ,  CHENEY Daniel L. (Molecular Discovery Technol., New Jersey, USA) ,  POSY Shana L. (Molecular Discovery Technol., New Jersey, USA)
資料名： Journal of Chemical Information and Modeling  (Journal of Chemical Information and Modeling)
巻： 57  号： 8  ページ： 1881-1894  発行年： 2017年08月 
JST資料番号： A0294A  ISSN： 1549-9596  CODEN： JCISD8  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 大環状化合物の立体配座サンプリングのための新しい方法Prime-MCSを提案した。大環状骨格の単離,半ループの部分構造サンプリング,R群サンプリング/最小化からなり,規定された二面角セットの帰属によるロータマライブラリを用いる計算量の削減,分裂点のスピンルート処理によるバイアス除去,終端除去,半ループの「閉環」処理を考慮した。複雑な分子のために開発されたMOE立体配座探索を用いてサンプリングを行った。MD/LowModeアルゴリズムによりMMベースの立体配座探索を行った。分子動力学シミュレーションにより立体配座を探索した。骨格ねじれ状態解析によりねじれプロフィルを求めた。Cambridge構造データベース,Protein Data Bank,BIRD(Biologically Interesting Molecule Reference Dictionary)データベースから選定した208種の大環状化合物について本アルゴリズムが計算精度,汎用性,計算速度に優れることを確かめた。

シソーラス用語： *大環状化合物 ,  *立体配座 ,  *信号標本化 ,  *部分構造法 ,  *応用プログラム ,  二面角 ,  回転異性 ,  ライブラリ【計算機】 ,  計算機アルゴリズム ,  計算機シミュレーション ,  ねじれ形配座 ,  精度 ,  汎用性 ,  計算機処理速度
準シソーラス用語： *サンプリング【標本化】 ,  データライブラリ ,  バイアス補正 ,  計算精度 ,  計算速度 ,  分子動力学シミュレーション ,  分子立体配座

分類 (3件)： 7員環以上の単環脂環式化合物  (CF04060H) ,  分子の立体配置・配座  (BH05022J) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

物質索引 (1件)： (12R,13S)-12,13-エポキシ-15-ヒドロキシ-5-オキソペンタデカン酸ラクトン

タイトルに関連する用語 (4件)： 大環状化合物 ,  立体配座 ,  サンプリング ,  汎用性