in silico標識代謝産物から生物学的経路と代謝ネットワークの再構成【Powered by NICT】

Hadadi Noushin; Hafner Jasmin; Soh Keng Cher; Hatzimanikatis Vassily

文献

J-GLOBAL ID：201702276721520519 整理番号：17A1120276

in silico標識代謝産物から生物学的経路と代謝ネットワークの再構成【Powered by NICT】

Reconstruction of biological pathways and metabolic networks from in silico labeled metabolites

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資料名：
巻： 12 号： 1 ページ： null 発行年： 2017年
JST資料番号： W2514A ISSN： 1860-6768 資料種別：逐次刊行物 (A)
記事区分：原著論文発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

反応原子マッピングは,すべての基質間の原子の,生化学的変換を受ける生成物の位置変化を追跡した。しかし,代謝経路の文脈における原子遷移に関する情報は文献で広く利用可能ではない。原子レベルでの代謝経路の理解が非常に重要である,観察された代謝表現型をもたらす重複異化/同化経路を解析した。代謝産物レベルの研究からレベル研究に代謝ネットワークの複雑度が劇的に増加するので,代謝ネットワーク内の原子遷移の自動同定は非常に挑戦的な課題である。様々なアプローチで盛んに研究されているにもかかわらず,代謝ネットワークの原子マッピングの分野は,自動化手法,(i)原子マッピングのための反応機構の情報を説明し,(ii)は個々の原子マッピングされた反応からの原子マッピングされた反応ネットワークに拡張を不足している。,in silico標識基質からの代謝ネットワークの系統的レベル再構成のための,iAM。NICE(in silico原子マップネットワーク統合計算Explorer),計算フレームワークを提案した。iAM。NICEは,根底にある酵素生体内変化機構に基づいていることの最初の自動原子マッピングアルゴリズムを著者らの知る限りであり,その用途は,個々の反応を越えて,原子マッピングされた代謝ネットワークの再構成に用いることができる。KEGGデータベースの原子マッピングされた反応の再構成を通して筆者らの方法の適用性を説明し,著者等はE.coliのコア代謝ネットワークのレベル表現の例を提供する。Copyright 2017 Wiley Publishing Japan K.K. All Rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

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著者キーワード (3件)： , ,

代謝一般 , 代謝と栄養 , 物質の代謝

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