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J-GLOBAL ID：201702278314649794   整理番号：17A0660189

クルミ(Juglans regia)ゲノム配列は非構造ポリフェノールの生合成をコードする遺伝子の多様性を明らかにする【Powered by NICT】

The walnut (Juglans regia) genome sequence reveals diversity in genes coding for the biosynthesis of non-structural polyphenols

著者 (25件)： Martinez-Garcia Pedro J. (Department of Plant Sciences, University of California, Davis, CA, 95616, USA) ,  Crepeau Marc W. (Department of Evolution and Ecology, University of California, Davis, CA, 95616, USA) ,  Puiu Daniela (Center for Computational Biology, McKusick-Nathans Institute of Genetic Medicine, Johns Hopkins University, Baltimore, MD, 21205, USA) ,  Gonzalez-Ibeas Daniel (Department of Ecology and Evolutionary Biology, University of Connecticut, Storrs, CT, 06269-3043, USA) ,  Whalen Jeanne (Department of Ecology and Evolutionary Biology, University of Connecticut, Storrs, CT, 06269-3043, USA) ,  Stevens Kristian A. (Department of Evolution and Ecology, University of California, Davis, CA, 95616, USA) ,  Paul Robin (Department of Ecology and Evolutionary Biology, University of Connecticut, Storrs, CT, 06269-3043, USA) ,  Butterfield Timothy S. (Department of Plant Sciences, University of California, Davis, CA, 95616, USA) ,  Britton Monica T. (UC Davis Genome Center, Davis, CA, 95616, USA) ,  Reagan Russell L. (Department of Plant Sciences, University of California, Davis, CA, 95616, USA) ,  Chakraborty Sandeep (Department of Plant Sciences, University of California, Davis, CA, 95616, USA) ,  Walawage Sriema L. (Department of Plant Sciences, University of California, Davis, CA, 95616, USA) ,  Vasquez-Gross Hans A. (Department of Plant Sciences, University of California, Davis, CA, 95616, USA) ,  Cardeno Charis (Department of Evolution and Ecology, University of California, Davis, CA, 95616, USA) ,  Famula Randi A. (Department of Plant Sciences, University of California, Davis, CA, 95616, USA) ,  Pratt Kevin (Department of Ecology and Evolutionary Biology, University of Connecticut, Storrs, CT, 06269-3043, USA) ,  Kuruganti Sowmya (Department of Ecology and Evolutionary Biology, University of Connecticut, Storrs, CT, 06269-3043, USA) ,  Aradhya Mallikarjuna K. (USDA National Clonal Germplasm Repository, Davis, CA, 95616, USA) ,  Leslie Charles A. (Department of Plant Sciences, University of California, Davis, CA, 95616, USA) ,  Dandekar Abhaya M. (Department of Plant Sciences, University of California, Davis, CA, 95616, USA) ,  Salzberg Steven L. (Center for Computational Biology, McKusick-Nathans Institute of Genetic Medicine, Johns Hopkins University, Baltimore, MD, 21205, USA) ,  Salzberg Steven L. (Departments of Biomedical Engineering, Computer Science, and Biostatistics, Johns Hopkins University, Baltimore, MD, 21205, USA) ,  Wegrzyn Jill L. (Department of Ecology and Evolutionary Biology, University of Connecticut, Storrs, CT, 06269-3043, USA) ,  Langley Charles H. (Department of Evolution and Ecology, University of California, Davis, CA, 95616, USA) ,  Neale David B. (Department of Plant Sciences, University of California, Davis, CA, 95616, USA. [e-mail])
資料名： Plant Journal  (Plant Journal)
巻： 87  号： 5  ページ： 507-532  発行年： 2016年 
JST資料番号： A1374A  ISSN： 0960-7412  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 中央アジアの山岳地帯に自生する二倍体種,ペルシャクルミ(Juglans regiaL.)は,ナッツ生産のために栽培されている主要なクルミ種であり,世界的に最も広がっているツリーナッツ種の一つである。J.regiaナッツの高栄養価はポリフェノール化合物の豊富な配列,その完全な生合成経路はまだ未知であると関連している。J.regiaゲノム配列は,標的遺伝子と追加的な未知遺伝子を発見するための品種「Chandler」から得た。665Mbpゲノムは二種の異なる方法(SOAPdenovo2とMaSuRCA)を用いて組み立て,464955bp(ゲノムサイズ606Mbpに基づく),221640コンティグと37%のGC含量のN50足場サイズであった。メーカPと他のゲノム資源を用いた注釈は,32498遺伝子の遺伝子モデルを得た。組織特異的方法に依存するクルミでの以前の研究は,単一のポリフェノールオキシダーゼ(PPO)遺伝子(JrPPO1)を同定した。J.regiaゲノム配列により可能になって,PPO(JrPPO2)の二番目の相同体が発見された。さらに,大きな没食子酸Iβグルコシルトランスフェラーゼ(GGT)スーパーファミリーの約130個の遺伝子が検出された。具体的には,二個の遺伝子,JrGGT1とJrGGT2,Quercus robur(QrGGT),1-O-ガロイル-β-D-グルコース,加水分解性タンニンの合成のための前駆体の合成に関与するからGGTへ有意に相同であった。J.regiaの参照ゲノムは多価フェノールの合成に必要な複雑な経路への有意義な洞察を提供する。クルミゲノム配列は増殖を加速し,複雑な形質の遺伝的解析を容易にするための重要なツールと方法提供する。Copyright 2017 Wiley Publishing Japan K.K. All Rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： *遺伝子 ,  前駆体 ,  ナッツ類 ,  *クルミ ,  栄養価 ,  グルコシルトランスフェラーゼ ,  品種 ,  山岳地 ,  *多価フェノール ,  *生合成 ,  *ゲノム ,  二倍体
準シソーラス用語： 遺伝子解析 ,  生合成経路 ,  *ゲノム配列 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： ポリフェノールオキシダーゼ ,  gallolylグルコーストランスフェラーゼ ,  全ゲノムショットガン ,  ゲノムアセンブリ ,  ポリフェノール ,  Juglans regia

分類 (5件)： 分子遺伝学一般  (EC02010J) ,  遺伝学研究法  (EC01020N) ,  植物の生化学  (EH01050J) ,  物質の代謝  (EH02050Q) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

タイトルに関連する用語 (7件)： クルミ ,  Juglans ,  ゲノム配列 ,  ポリフェノール ,  生合成 ,  遺伝子 ,  多様性