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J-GLOBAL ID：201702278338697992   整理番号：17A1436533

臨床試料を用いた超深度配列決定及びsanger配列決定によるHIV-1薬剤耐性遺伝子型の比較【Powered by NICT】

Comparison of HIV-1 drug-resistance genotyping by ultra-deep sequencing and sanger sequencing using clinical samples

著者 (15件)： Trabaud Mary-Anne (Laboratoire de Virologie, Hopital de la Croix Rousse, Hospices Civils de Lyon, Lyon, F-69004, France) ,  Icard Vinca (Laboratoire de Virologie, Hopital de la Croix Rousse, Hospices Civils de Lyon, Lyon, F-69004, France) ,  Ramiere Christophe (Laboratoire de Virologie, Hopital de la Croix Rousse, Hospices Civils de Lyon, Lyon, F-69004, France) ,  Ramiere Christophe (Centre International de Recherche en Infectiologie (CIRI) (Inserm U1111, CNRS UMR 5308), Lyon, F-69007, France) ,  Ramiere Christophe (Ecole Normale Superieure de Lyon, Lyon, F-69007, France) ,  Ramiere Christophe (Universite Claude Bernard Lyon 1, Villeurbanne, F-69100, France) ,  Tardy Jean-Claude (Laboratoire de Virologie, Hopital de la Croix Rousse, Hospices Civils de Lyon, Lyon, F-69004, France) ,  Scholtes Caroline (Laboratoire de Virologie, Hopital de la Croix Rousse, Hospices Civils de Lyon, Lyon, F-69004, France) ,  Scholtes Caroline (Centre International de Recherche en Infectiologie (CIRI) (Inserm U1111, CNRS UMR 5308), Lyon, F-69007, France) ,  Scholtes Caroline (Ecole Normale Superieure de Lyon, Lyon, F-69007, France) ,  Scholtes Caroline (Universite Claude Bernard Lyon 1, Villeurbanne, F-69100, France) ,  Andre Patrice (Laboratoire de Virologie, Hopital de la Croix Rousse, Hospices Civils de Lyon, Lyon, F-69004, France) ,  Andre Patrice (Centre International de Recherche en Infectiologie (CIRI) (Inserm U1111, CNRS UMR 5308), Lyon, F-69007, France) ,  Andre Patrice (Ecole Normale Superieure de Lyon, Lyon, F-69007, France) ,  Andre Patrice (Universite Claude Bernard Lyon 1, Villeurbanne, F-69100, France)
資料名： Journal of Medical Virology  (Journal of Medical Virology)
巻： 89  号： 11  ページ： 1912-1919  発行年： 2017年 
JST資料番号： E0726B  ISSN： 0146-6615  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： Sanger個体群配列決定(SPS)は,HIV-1感染患者の治療を監視するための標準技術である。,薬剤耐性変異の定量的検出を可能にする,超深度シークエンシング(UDS)は代替法である可能性がある。研究は通常環境におけるUDSとSPSの再現性と予測を比較することを目的とした。低濃度変異体を含む対照を繰り返し試験し,100人の患者から臨床血しょう試料を前向きにRoche454系を用いたSPSとUDSにより分析した。UDSによる完全解析した種々のウイルス負荷とサブタイプと試料の88%について利用可能である。検出しきい値の比較は,SPS感度は変動することを見出した。5%>20%にUDSにより発見された変化は,試料の80%以上に25%でSPSにより検出した。5%カットオフでは,不一致は稀で,ほとんどの場合,UDSは付加的なプロテアーゼ二次変異を検出し,2015ANRSアルゴリズムに従ってプロテアーゼ阻害剤耐性可能性を示唆した。UDSだけで逆転写酵素に見られる変異は,以前の治療により説明ことが多かった。5%で変異体検出しきい値を持つUDSは個体群配列決定と比較して最小の違いによる治療管理を可能にする比抵抗突然変異のための適切なカットオフ値のさらなる定量のための追加情報を提供した。Copyright 2017 Wiley Publishing Japan K.K. All Rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： 個体群 ,  治療法 ,  変異 ,  アルゴリズム ,  患者 ,  *HIV1 ,  プロテイナーゼ阻害剤 ,  血漿 ,  突然変異 ,  再現性 ,  逆転写酵素 ,  *薬物耐性 ,  ペプチド結合ヒドロラーゼ
準シソーラス用語： 検知閾値 ,  サブタイプ , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： データ管理 ,  データの可視化 ,  HIV-1 ,  変異 ,  ソフトウェアツール

分類 (4件)： 感染症・寄生虫症の診断  (GD01020S) ,  バイオアッセイ  (EA03060N) ,  遺伝的変異  (EC01030Y) ,  ウイルス感染の生理と病原性  (EG04042Y)

タイトルに関連する用語 (5件)： 臨床 ,  試料 ,  深度 ,  HIV-1 ,  薬剤耐性遺伝子