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J-GLOBAL ID：201702278470605170   整理番号：17A1414833

GRID-seqがRNA-クロマチンインタラクトームを網羅的に示す

GRID-seq reveals the global RNA-chromatin interactome

著者 (6件)： LI Xiao (Univ. California, San Diego, California, USA) ,  ZHOU Bing (Univ. California, San Diego, California, USA) ,  CHEN Liang (Univ. California, San Diego, California, USA) ,  GOU Lan-Tao (Univ. California, San Diego, California, USA) ,  LI Hairi (Univ. California, San Diego, California, USA) ,  FU Xiang-Dong (Univ. California, San Diego, California, USA)
資料名： Nature Biotechnology  (Nature Biotechnology)
巻： 35  号： 10  ページ： 940-950  発行年： 2017年10月 
JST資料番号： H0870A  ISSN： 1087-0156  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 高等真核生物のゲノムには,多数のコードRNAおよび非コードRNAが結合しているが,そうしたRNAを網羅的に同定して結合部位を明らかにする方法は存在しない。本論文では,高性能の塩基配列解読法(GRID-seq)によってRNAのDNAとのin situ相互作用を網羅的にとらえ,クロマチンと相互作用するRNAの全レパートリーおよび各RNAの結合部位をあまねく明らかにする方法を紹介する。我々は,ヒト,マウス,およびハエの細胞中に,活動中のプロモーターおよびエンハンサー(特にスーパーエンハンサー)に結合している組織特異的なコードRNAおよび非コードRNAの大規模なセットを検出した。多くのmRNA-クロマチン相互作用がプロモーターとエンハンサーの物理的近接を示しているという想定のもと,我々はプロモーターとエンハンサーの三次元網羅的連結性マップを作製し,転写活性と関係する核内のゲノム相互作用を明らかにした。Copyright Nature Japan KK 2017

シソーラス用語： *遺伝学実験技術 ,  *クロマチン ,  *RNA【核酸】 ,  DNA【核酸】 ,  分子間相互作用 ,  結合部位 ,  ヒト ,  マウス ,  双翅類 ,  プロモーター領域 ,  エンハンサー領域 ,  転写【遺伝】 ,  ゲノム ,  *生物相互作用 ,  mRNA
準シソーラス用語： *GRID-seq ,  ハエ ,  転写活性 ,  *インタラクトーム

分類 (3件)： 遺伝学研究法  (EC01020N) ,  細胞構成体一般  (EF03010Z) ,  遺伝子発現  (EC02040Q)

タイトルに関連する用語 (2件)： Grid ,  RNA