文献

J-GLOBAL ID：201702278778280117   整理番号：17A1398617

統計的系統発生学のためのビーグル,高性能計算ライブラリにおける不均一ハードウェアサポート【Powered by NICT】

Heterogeneous Hardware Support in BEAGLE, a High-Performance Computing Library for Statistical Phylogenetics

著者 (2件)： Ayres Daniel L. ,  Cummings Michael P.
資料名： IEEE Conference Proceedings  (IEEE Conference Proceedings)
巻： 2017  号： ICPPW  ページ： 23-32  発行年： 2017年 
JST資料番号： W2441A  資料種別： 会議録 (C)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 現代加速器とマルチコアCPUの広い範囲を支援するための高速統計的系統発生学的推定(最尤推定とBayes解析)のためのビーグルライブラリーを拡張する方法を記述し,これらのプラットフォームからの対応する性能結果を示した。この解決策は,CUDAとOpenCL並列計算フレームワークの下で利用可能な計算プラットフォームの品種のための一様なインタフェイスを提供する共通コード設計を含んでいる。もビーグルにおけるCPU貫通を実装し,和におけるこれらの改善は,CPUとXeon Phi,ベクトル化のイントリンシックス(例えば,SSE,AVX),およびGPUを含むハードウエアの並列性の広範囲を利用するライブラリーを可能にした。コードの再利用性や保守性がこの設計の特徴であるが,著者らのアプローチは,コードの性能臨界部分のためのハードウェア特異的最適化を含んでいる。この方法でビーグルライブラリーを拡張より多くのユーザを可能にするそれらに利用可能なハードウェア資源を利用する。性能の増加の例として,二Intel Xeon E5 2680v4CPUを用いたシステム上のビーグルを用いて,MrBayes3.2.6コドンモデル解析のための39倍高速化,天然MrBayes MPI SSE実装と比較して観測した。図書館の一般的設計の特徴も他の領域に適用可能な並列計算フレームワークを用いたソフトウエア開発のためのモデルを提供する。Copyright 2017 The Institute of Electrical and Electronics Engineers, Inc. All Rights reserved. Translated from English into Japanese by JST【Powered by NICT】

シソーラス用語： 最尤法 ,  システムインタフェイス ,  高速化 ,  *ハードウェア ,  最適化 ,  ソフトウェア開発 ,  再利用 ,  並列演算 ,  高速度 ,  モデル
準シソーラス用語： OpenCL ,  CUDA ,  マルチコアプロセッサ ,  *高性能コンピューティング ,  *ビーグル犬 ,  *系統学 , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (3件)： ディジタル計算機方式一般  (JC02010O) ,  制御方式  (JC02030K) ,  オペレーティングシステム  (JD03020J)

タイトルに関連する用語 (7件)： 統計 ,  系統発生学 ,  ビーグル ,  高性能計算 ,  ライブラリ ,  不均一 ,  ハードウェア