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J-GLOBAL ID：201702279073255077   整理番号：17A0154972

RNA代謝プロファイルを通じたヒトコードおよび非コード遺伝子の統合的分類

Integrative classification of human coding and noncoding genes through RNA metabolism profiles

著者 (8件)： MUKHERJEE Neelanjan (Max Delbrueck Center for Molecular Medicine, Berlin, DEU) ,  CALVIELLO Lorenzo (Max Delbrueck Center for Molecular Medicine, Berlin, DEU) ,  CALVIELLO Lorenzo (Humboldt Univ., Berlin, DEU) ,  HIRSEKORN Antje (Max Delbrueck Center for Molecular Medicine, Berlin, DEU) ,  DE PRETIS Stefano (Fondazione Instituto Italiano di Tecnologia, Milan, ITA) ,  PELIZZOLA Mattia (Fondazione Instituto Italiano di Tecnologia, Milan, ITA) ,  OHLER Uwe (Max Delbrueck Center for Molecular Medicine, Berlin, DEU) ,  OHLER Uwe (Humboldt Univ., Berlin, DEU)
資料名： Nature Structural & Molecular Biology  (Nature Structural & Molecular Biology)
巻： 24  号： 1  ページ： 86-96  発行年： 2017年01月 
JST資料番号： W0637A  ISSN： 1545-9993  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 文献レビュー  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： コードRNAおよび長鎖非コードRNA(lncRNA)の定量的分類を行った。本研究では,1)合成スパイクインRNAを用いたストランド特異的ペアエンドRNAシーケンシング,2)RNAポリメラーゼ結合性の新生転写産物のシーケンシング,3)4-チオウリジンを用いた代謝標識法,を用いて,コードおよび非コードRNAの転写速度,スプライシング,および分解を定量的に評価した。これらの解析から,mRNAと比較したとき,lncRNAの合成速度は遅く,分解速度は速く,スプライシング速度も遅いことが分かった。さらに,他のRNAよりも遅いスプライシング速度を示す幾つかのlncRNAも発見できた。これらデータと局在および翻訳に関するデータを組合わせることで,RNAを7つのクラスに分類した。各クラスは異なる進化的パターンおよびRNA調節経路に対する異なる感受性を示した。これらの知見はlncRNAのゲノムコンテキスト駆動アノテーションに役立つ。

シソーラス用語： *RNA代謝 ,  *RNA【核酸】 ,  mRNA ,  *転写【遺伝】 ,  *RNAスプライシング ,  分子進化 ,  遺伝学実験技術 ,  ヒト ,  マウス ,  ラット ,  翻訳【遺伝】 ,  ピリミジンヌクレオシド ,  リボヌクレオシド
準シソーラス用語： RNAシークエンシング ,  *RNA分解 ,  *長鎖非コードRNA

分類 (1件)： 遺伝子発現  (EC02040Q)

物質索引 (1件)： 4-チオウリジン

タイトルに関連する用語 (6件)： RNA代謝 ,  プロファイル ,  ヒト ,  遺伝子 ,  統合 ,  分類