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J-GLOBAL ID：201702279410291531   整理番号：17A1244543

加重遺伝子共発現ネットワーク解析による慢性関節リウマチにおける重要な遺伝子の同定【Powered by NICT】

Identifying key genes in rheumatoid arthritis by weighted gene co-expression network analysis

著者 (6件)： Ma Chunhui (Department of Orthopedic Surgery, Shanghai General Hospital, Shanghai Jiao Tong University, Shanghai, China) ,  Lv Qi (Department of Radiology, Tong Ji Hospital, Tong Ji University, Shanghai, China) ,  Teng Songsong (Department of Orthopedic Surgery, Shanghai General Hospital, Shanghai Jiao Tong University, Shanghai, China) ,  Yu Yinxian (Department of Orthopedic Surgery, Shanghai General Hospital, Shanghai Jiao Tong University, Shanghai, China) ,  Niu Kerun (Department of Orthopedic Surgery, Shanghai General Hospital, Shanghai Jiao Tong University, Shanghai, China) ,  Yi Chengqin (Department of Orthopedic Surgery, Shanghai General Hospital, Shanghai Jiao Tong University, Shanghai, China)
資料名： International Journal of Rheumatic Diseases  (International Journal of Rheumatic Diseases)
巻： 20  号： 8  ページ： 971-979  発行年： 2017年 
JST資料番号： W2621A  ISSN： 1756-1841  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 目的:本研究は,WGCN(加重遺伝子共発現ネットワーク解析)法を用いたマイクロアレイデータに基づく関節リウマチ(RA)関連遺伝子を同定することを目的とした。【方法】二遺伝子発現プロファイルデータセットGSE55235(10RA試料および10人の健康な対照)とGSE77298(16RA試料と七人の健康な対照)は遺伝子発現オムニバスデータベースからダウンロードした。特性遺伝子はmetaDEパッケージを用いて同定した。WGCNを用いて遺伝子発現相関係数に基づく疾患関連ネットワークを見出すことであった,モジュール意義はモジュールとRA状態の間の相関を評価するために使用した全ての遺伝子の平均遺伝子意義として定義した。疾病関連遺伝子共発現ネットワークにおける遺伝子はアノテーションVisualization and Integrated Discoveryのためのデータベースを用いた機能的アノテーションおよび経路濃縮分析に供した。特性遺伝子も小分子をスクリーニングするための接続性地図にマッピングした。【結果】は全599特徴的な遺伝子を同定した。各データセットに対して,緑,赤および青緑色モジュールにおける特徴的な遺伝子はRAと最も密接に関連し,5443及び79の遺伝子数であった。これらの遺伝子は,17の遺伝子オントロジ用語,主に免疫応答(CD97,FYB,CXCL1,IKBKE,CCR1など),炎症反応(CD97,CXCL1,C3AR1,CCR1,LYZなど),及びホメオスタシス(C3AR1,CCR1,PLN,CCL19,PPT1など)に関連した完全に濃縮に富んでいた。二小分子薬物サンギナリンとパパベリンはRAに対する治療効果を持つと予測された。免疫応答,炎症反応およびホメオスタシスに関連する【結論】遺伝子はRA病因に重要な役割を果たしている。サンギナリンとパパベリンはRAに対する潜在的治療効果を有していた。Copyright 2017 Wiley Publishing Japan K.K. All Rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： 免疫反応 ,  *ネットワーク ,  *遺伝子 ,  アノテーション ,  *関節リウマチ ,  病因 ,  遺伝子発現 ,  ホメオスタシス ,  データベース ,  DNAマイクロアレイ ,  オントロジー ,  相関係数
準シソーラス用語： 炎症反応 ,  *ネットワーク解析 ,  *共発現 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： 差次的に発現した遺伝子 ,  機能アノテーション ,  慢性関節リウマチ ,  小分子薬 ,  重み付き遺伝子は共発現ネットワーク解析

分類 (1件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (6件)： 加重 ,  遺伝子 ,  共発現 ,  ネットワーク解析 ,  慢性関節リウマチ ,  同定