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J-GLOBAL ID：201702279502442588   整理番号：17A1434117

アデニン-チミン互変異性平衡の理論的熱力学的研究:電子構造計算と操縦分子動力学シミュレーション【Powered by NICT】

Theoretical thermodynamic study of the adenine-thymine tautomeric equilibrium: Electronic structure calculations and steered molecular dynamic simulations

著者 (3件)： Tolosa Santiago (Departamento de Ingenieria Quimica y Quimica Fisica, Universidad de Extremadura, Badajoz, Spain) ,  Sanson Jorge Antonio (Departamento de Ingenieria Quimica y Quimica Fisica, Universidad de Extremadura, Badajoz, Spain) ,  Hidalgo Antonio (Departamento de Ingenieria Quimica y Quimica Fisica, Universidad de Extremadura, Badajoz, Spain)
資料名： International Journal of Quantum Chemistry  (International Journal of Quantum Chemistry)
巻： 117  号： 20  ページ： ROMBUNNO.25429  発行年： 2017年 
JST資料番号： B0853A  ISSN： 0020-7608  CODEN： IJQCB  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 水溶液中における正準および非正準DNA塩基平衡間の互変異性平衡A-T←→A*T*の自由エネルギーは電子構造法(M06 2X PCM/6 311++G(d,p)レベルで)及びsteered分子動力学シミュレーションを適用して理論的に決定した。遷移状態なしでの好ましくないプロセスを用いて,計算のレベルに依存して観察される協奏的および段階的機構が本システムの異常な挙動を説明するために二重プロトン移動のために考慮した。シミュレーションで用いられている種々の機構のうち,第一段階は,アデニンとチミンからのプロトンの移動,とチミンからアデニンへの種々のプロトンの移動を伴った第二段階を意味し,段階的機構を,二個の遷移状態と反応中間体を示す唯一のものであった。しかし,協奏的および段階的機構は類似の速度論的及び熱力学的挙動を,同様の反応と活性化エネルギーであった。簡単なプロトン移動はアデニンからの水素の移動のためのチミンへより有利であった。本研究で水溶液中の介在物は,これらのエネルギーを修飾のみわずかだが,溶媒は離散媒質として記述された障壁エネルギーは高かった。遷移状態と中間構造を分子動力学レベルで解析した。Copyright 2017 Wiley Publishing Japan K.K. All Rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： *分子動力学 ,  反応中間体 ,  自由エネルギー ,  速度論 ,  *電子構造 ,  *互変異性 ,  水溶液 ,  *計算機シミュレーション ,  遷移状態 ,  *熱力学 ,  陽子 ,  活性化エネルギー ,  プロトン移動 ,  窒素複素環化合物 ,  ウレア化合物 ,  ヒドロキシ化合物
準シソーラス用語： *分子動力学シミュレーション , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： アデニン-チミン ,  電子構造計算 ,  溶液中のプロトン移動 ,  操縦された分子動力学シミュレーション ,  互変異性平衡 ,  熱力学的性質

分類 (2件)： 酵素一般  (EB09010D) ,  蛋白質・ペプチド一般  (EB03010N)

物質索引 (2件)： チミン ,  アデニン

タイトルに関連する用語 (10件)： アデニン ,  チミン ,  互変異性 ,  平衡 ,  理論 ,  熱力学 ,  研究 ,  電子構造計算 ,  操縦 ,  分子動力学シミュレーション