抄録/ポイント：
抄録/ポイント
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配列比較は計算生物学,伝統的Smith-WatermanとNeedleman-Wunschアルゴリズムのような位置合わせ主導方法によって支配され,BLAST,ユビキタスBasic Local Alignment Search Toolのような配列に基づくヒューリスティックスによる基本的なタスクである。10年以上に亘り研究者はこれらの手法にアライメントフリー代替の範囲を検討した引用,次世代配列決定の時代におけるスケーラビリティ,ペタスケール配列アーカイブの出現,および構造再配列のアラインメント法のロバスト性の不足を上回ってものである。これらの手法のいくつかは,特定のタスクのための成功が証明されているが,密接に関連した配列セットが発散するとして多くは感度の顕著な低下を示し続けている。アラインメント段階を回避現代配列コレクションの挑戦へのスケールによるものではなく,著しく下探索のコストでのみ法を可能にした。本論文では,アライメントフリー配列比較のための類似性測度の問題を再検討し,類似性投影項する新しい方法を導入した。類似性投影のアラインメント法と同等のアライメントフリー手法のスケーラビリティ特性を保持しながら顕著に増強された感度を提供する。として,k量体のコレクションに依存している長さk,位置に関係なく収集したが,類似性の分子配列の重複部分文字列はハウスドルフ集合距離の変異体に依存し,一致する成分を反映するより効果的に採点されるのに類似性を可能にする,しないものの影響を軽減した。形式的に,このアルゴリズムはそれらの成分断片に基づく配列対間の大きな相互類似度行列を生成する連続還元段階は配列上での最終スコアが得られた。しかし,これらの基礎となる比較の小部分のみを行う必要性と,ベクトル量子化に基づく近似スキームを用いた,単純な手法で実行時間の一桁の大きさの改善を達成することができた。UniProtKBから得られた二つの大きな蛋白質コレクション,類似性予測は精度競合しを達成することを示し,と時間を超える,BLASTのアプローチを評価し,著しく優れた実行速度を示した。Copyright 2017 The Institute of Electrical and Electronics Engineers, Inc. All Rights reserved. Translated from English into Japanese by JST【Powered by NICT】
