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J-GLOBAL ID：201702279694056876   整理番号：17A1389194

UALCAN:促進腫瘍サブグループ遺伝子発現と生存率解析のためのポータル【Powered by NICT】

UALCAN: A Portal for Facilitating Tumor Subgroup Gene Expression and Survival Analyses

著者 (11件)： Chandrashekar Darshan S. (Molecular and Cellular Pathology, Department of Pathology, University of Alabama at Birmingham) ,  Chandrashekar Darshan S. (Comprehensive Cancer Center, University of Alabama at Birmingham, Birmingham, AL 35233, USA) ,  Bashel Bhuwan (Molecular and Cellular Pathology, Department of Pathology, University of Alabama at Birmingham) ,  Balasubramanya Sai Akshaya Hodigere (Molecular and Cellular Pathology, Department of Pathology, University of Alabama at Birmingham) ,  Balasubramanya Sai Akshaya Hodigere (Comprehensive Cancer Center, University of Alabama at Birmingham, Birmingham, AL 35233, USA) ,  Creighton Chad J. (Department of Medicine, Dan L. Duncan Comprehensive Cancer Center, and Human Genome Sequencing Center, Baylor College of Medicine, Houston, TX 77030, USA) ,  Ponce-Rodriguez Israel (Molecular and Cellular Pathology, Department of Pathology, University of Alabama at Birmingham) ,  Chakravarthi Balabhadrapatruni V.S.K. (Molecular and Cellular Pathology, Department of Pathology, University of Alabama at Birmingham) ,  Chakravarthi Balabhadrapatruni V.S.K. (Comprehensive Cancer Center, University of Alabama at Birmingham, Birmingham, AL 35233, USA) ,  Varambally Sooryanarayana (Molecular and Cellular Pathology, Department of Pathology, University of Alabama at Birmingham) ,  Varambally Sooryanarayana (Comprehensive Cancer Center, University of Alabama at Birmingham, Birmingham, AL 35233, USA)
資料名： Neoplasia  (Neoplasia)
巻： 19  号： 8  ページ： 649-658  発行年： 2017年 
JST資料番号： W3158A  ISSN： 1476-5586  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： ゲノミクスデータから癌ゲノムアトラス(TCGA)プロジェクトは,複数の癌タイプの包括的な分子特性化に導いた。TCGAの大きな試料数はtumo不均一性に関連した疑問に答えるための優れた機会を提供する。癌研究者や臨床医によるデータの探求は,新しい治療/診断バイオマーカーを発掘が必須である。種々の計算ツールが特異的TCGAデータ解析を行う上で研究者を支援するために開発されてきた;が腫瘍を越えた遺伝子発現変化と生存の関連の研究を容易にするための資源が必要である。UALCAN,TCGA遺伝子発現データの詳細な分析に実行するために使いやすい,対話型Webポータルを報告した。UALCANは,31種の癌型からTCGAレベル3RNA-seqと臨床データを使用した。門脈のユーザフレンドリな特徴を実行できるようにする1)腫瘍と正常試料を横切る,個々の癌ステージ,腫瘍グレード,人種,体重または他の臨床病理学的特徴に基づく様々な腫瘍サブグループにおける質問遺伝子(s)の相対的発現を分析し,2)患者生存に及ぼす遺伝子発現レベルと臨床病理学的特徴の影響を推定および3)個々の癌タイプにおけるトップと過小発現(アップとダウンレギュレーション)遺伝子を同定した。資源は標的遺伝子のin silico検証のためのおよび腫瘍サブグループ特異的バイオマーカー候補を同定するためのプラットフォームとして機能する。UALCAN Webポータルは癌研究を加速する上で非常に有用である可能性がある。UALCANであるhttp://ualcan.path.uab.eduで公開されている。Copyright 2017 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： Web【情報システム】 ,  不均一性 ,  バイオマーカー ,  *遺伝子 ,  *腫瘍 ,  データ解析 ,  プロジェクト ,  *遺伝子発現 ,  体重 ,  ダウンレギュレーション ,  治療法
準シソーラス用語： 臨床病理学的特徴 ,  臨床データ ,  癌研究 ,  *ポータルサイト , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (1件)： 医用情報処理  (JE15030Q)

タイトルに関連する用語 (7件)： 促進 ,  腫瘍 ,  サブ ,  グループ ,  遺伝子発現 ,  生存率解析 ,  ポータル