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J-GLOBAL ID：201702279790338380   整理番号：17A1830453

次世代塩基配列決定法を用いた保存コレクションの検出無脊椎動物種【Powered by NICT】

Detecting invertebrate species in archived collections using next-generation sequencing

著者 (4件)： Carew Melissa E. (School of BioSciences, Bio21 Institute, Victorian Centre for Aquatic Pollution Identification and Management (CAPIM), The University of Melbourne, 30 Flemington Rd, Melbourne, VIC, 3010, Australia) ,  Metzeling Leon (Environment Protection Authority Victoria, Ernest Jones Drive, Macleod, VIC, 3085, Australia) ,  St Clair Rosalind (Environment Protection Authority Victoria, Ernest Jones Drive, Macleod, VIC, 3085, Australia) ,  Hoffmann Ary A. (School of BioSciences, Bio21 Institute, Victorian Centre for Aquatic Pollution Identification and Management (CAPIM), The University of Melbourne, 30 Flemington Rd, Melbourne, VIC, 3010, Australia)
資料名： Molecular Ecology Resources  (Molecular Ecology Resources)
巻： 17  号： 5  ページ： 915-930  発行年： 2017年 
JST資料番号： W2685A  ISSN： 1755-098X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 科レベルで測定した無脊椎動物生物多様性は生態系への人為的影響を評価するための生物学的モニタリング計画に広く使用されている。しかし,次世代シークエンシング(NGS)は迅速な種同定を可能にすることにより,新しいより高感度バイオモニタリングツールの開発を可能にした。過去プログラムから保存された無脊椎動物コレクションと環境情報を用いて,種の分布とその環境応答を理解しようとするなら,これは加速された。本研究では,多くの機会に採取した二地点から保存された大型無脊椎動物試料をNGSは,種を検出できるかどうか試験した。試料は12年までの室温で70%エタノール中で保存した。DNAバーコード領域内の197~274bpの範囲の三アンプリコンを試料から増幅し,種を同定するためのDNAバーコード化ライブラリーと比較した。したほとんどの試料からの部分的DNAバーコードを増幅することができ,種はしばしば複数のアンプリコンを検出した。しかし,いくつかのシングルトン及び分類群DNAバーコードで覆われた低を見逃している。これは付加的なDNAバーコードは水生大型無脊椎動物に対する現在のDNAバーコードライブラリにおけるギャップの充填に必要である,および,または,それは試料中の全分類群を検出することが可能でないかもしれないことを示唆した。さらに,古い試料はしばしば少ない分類群を検出し,増幅のための信頼性が低く,NGSは8年間収集の内の試料に使って最良であることを示した。それにもかかわらず,既存のDNAバーコードと多くの共通分類群はNGSを高信頼度で同定し,複数年にわたるサイトでしばしば存在し,保存された材料における一般的で豊富な種を検出するためのNGSの可能性を示した。Copyright 2017 Wiley Publishing Japan K.K. All Rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： *無脊椎動物 ,  生態系 ,  生物多様性 ,  *ヌクレオチド配列 ,  信頼性 ,  昆虫類
準シソーラス用語： 水生大型無脊椎動物 ,  分類群 ,  アンプリコン ,  DNAバーコード ,  大型無脊椎動物 ,  種判別 ,  次世代シークエンシング ,  バイオモニタリング ,  人為的影響 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： 水生 ,  DNAバーコーディング ,  昆虫 ,  無脊椎動物 ,  メタゲノム

分類 (2件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (5件)： 次世代 ,  塩基配列 ,  保存 ,  コレクション ,  無脊椎動物