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J-GLOBAL ID：201702279846922561   整理番号：17A1738184

人工湿地の微生物遺伝物質評価のための品質保証を持つDNA精製法の改良

Improved DNA purification with quality assurance for evaluation of the microbial genetic content of constructed wetlands

著者 (7件)： HUANG Wenda (Jinan Univ., Guangzhou, CHN) ,  GUO Jingjing (Jinan Univ., Guangzhou, CHN) ,  TAO Ran (Jinan Univ., Guangzhou, CHN) ,  MAN Ying (Jinan Univ., Guangzhou, CHN) ,  DAI Yunv (Jinan Univ., Guangzhou, CHN) ,  YANG Yang (Jinan Univ., Guangzhou, CHN) ,  YANG Yang (Engineering Res. Center of Tropical and Subtropical Aquatic Ecological Engineering, Ministry of Education, Guangzhou, CHN)
資料名： Applied Microbiology and Biotechnology  (Applied Microbiology and Biotechnology)
巻： 101  号： 21  ページ： 7923-7931  発行年： 2017年11月 
JST資料番号： H0764A  ISSN： 0175-7598  CODEN： EJABDD  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： ドイツ (DEU)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 人工湿地(CW)に存在するDNAの効率的単離はメタゲノム解析の重要な第一段階である。CWの巨大基盤から純粋なDNAを高収量で得るDNA単離法を開発し,腐植酸除去および細胞溶解の特定ステップでの収量を評価した。塩化カルシウム-リゾチーム-ドデシル硫酸ナトリウム法(CCLS)により,これらステップの改良を可能にした。新鮮な砂利サンプル由来の沈殿物をTENP緩衝液(Tris,EDTA,Na₂O₂P₇,PVPP,脱脂粉乳),塩化カルシウム溶液と塩化シュウ酸溶液でそれぞれ処理を行い,腐植酸を除去した。さらに,DNA単離緩衝液,SDSとリゾチーム溶液により細胞を溶解した。TENP緩衝液は微生物と基板の吸着を低下させ,PowerSoil DNAキット(MBKIT)と比較した場合,塩化カルシウムは94%以上の腐食酸を沈澱除去して著しくDNA純度を増強し,溶解細菌の平均量も上昇した。また,この方法で得られたDNAから脱窒素細菌の16S rRNA遺伝子とnirK遺伝子は効率的に増幅された。CCLS法はCWにおける微生物密度と多様性評価を可能にすることを明らかにした。

シソーラス用語： 人工湿地 ,  遺伝学 ,  *ゲノム ,  ミクロフローラ ,  微生物 ,  *精製 ,  DNA【核酸】 ,  ゲル電気泳動 ,  rRNA遺伝子 ,  遺伝子
準シソーラス用語： メタゲノム解析 ,  *メタゲノム ,  環境微生物 ,  *DNA精製 ,  環境DNA ,  DGGE ,  16S rRNA遺伝子 ,  nirK遺伝子

分類 (1件)： 遺伝学研究法  (EC01020N)

タイトルに関連する用語 (5件)： 人工湿地 ,  微生物 ,  評価 ,  品質保証 ,  DNA精製