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J-GLOBAL ID：201702279933016376   整理番号：17A1654309

赤外青色光によるイチゴのトランスクリプトームにおける特異的発現遺伝子コドンの選好性への影響【JST・京大機械翻訳】

Analysis of codon usage bias of specific genes in strawberry transcriptome under the red and blue light

著者 (8件)： Feng Chen (四川農業大学 園芸学院,四川 成都,611130) ,  Tang Haoru (四川農業大学 園芸学院,四川 成都,611130) ,  Jiang Leiyu (四川農業大学 園芸学院,四川 成都,611130) ,  Song Xia (四川農業大学 園芸学院,四川 成都,611130) ,  Zhang Yunting (四川農業大学 園芸学院,四川 成都,611130) ,  Ye Yuntian (四川農業大学 園芸学院,四川 成都,611130) ,  Chen Qing (四川農業大学 園芸学院,四川 成都,611130) ,  Sun Bo (四川農業大学 園芸学院,四川 成都,611130)
資料名： Zhejiang Nongye Xuebao  (Zhejiang Nongye Xuebao)
巻： 29  号： 4  ページ： 566-574  発行年： 2017年 
JST資料番号： C3051A  ISSN： 1004-1524  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： 中国 (CHN)  言語： 中国語 (ZH)

抄録/ポイント： イチゴのトランスクリプトームにおける特異的発現遺伝子コドンの使用選好性分析は遺伝子異源の発現に参考を提供することができる。赤外青色光処理によるイチゴのトランスクリプトームに対する特異的発現遺伝子コドン使用の選好性の影響を検討するため、四川農業大学果樹分子生物学実験室の前期赤色光処理後のイチゴの転写データを原始実験データとし、白色光で処理したイチゴのトランスクリプトームデータを元の対照データとした。perl言語と配列決定結果におけるFPKM値(fragments per kb per million fragments)を用いて、トランスクリプトームデータをスクリーニングした。Mobyleオンラインプログラムを用いて、スクリーニングした特異的発現遺伝子に対してコドン選択性分析を行った。結果は以下を示した。青色光で処理した後の特異的発現遺伝子は114本で、赤色光処理の約2倍であった。GC含有量とGC3s含有量によると、赤色光と青色光処理における特異的発現遺伝子はそれぞれ91%の選好がA/T結末のコドンを用いた。最適なコドンの中で、赤色光特異遺伝子の選好はA/T結末の最適コドンに占める割合は青色光特異遺伝子より2.84%多かった。コドン使用頻度の比較結果により、酵母発現系は2種類の処理特異的発現遺伝子の異種発現実験に適し、シロイヌナズナは2種類の処理特異的発現遺伝子の遺伝子受容体としてより適していることが分かった。Data from Wanfang. Translated by JST【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 赤色光 ,  *遺伝子 ,  Arabidopsis thaliana ,  *嗜好性 ,  酵母 ,  白色光 ,  受容体 ,  果樹 ,  *トランスクリプトーム ,  分子生物学 ,  *コドン ,  農業 ,  *青色光
準シソーラス用語： 異種発現 ,  使用頻度 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (4件)： red and blue light ,  transcriptome ,  strawberry ,  codon usage bias

分類 (3件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B) ,  遺伝学研究法  (EC01020N) ,  遺伝子発現  (EC02040Q)

タイトルに関連する用語 (8件)： 赤外 ,  青色光 ,  イチゴ ,  トランスクリプトーム ,  発現 ,  遺伝子 ,  コドン ,  選好性