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J-GLOBAL ID：201702280115127668   整理番号：17A1694027

分子動力学を用いた蛋白質酸化還元複合体の動態および解離機構に関する洞察

Insights into the Dynamics and Dissociation Mechanism of a Protein Redox Complex Using Molecular Dynamics

著者 (5件)： HOLLINGSWORTH Scott A. (Univ. California, California, USA) ,  NGUYEN Brian D. (Univ. California, California, USA) ,  CHREIFI Georges (Univ. California, California, USA) ,  ARCE Anton P. (Univ. California, California, USA) ,  POULOS Thomas L. (Univ. California, California, USA)
資料名： Journal of Chemical Information and Modeling  (Journal of Chemical Information and Modeling)
巻： 57  号： 9  ページ： 2344-2350  発行年： 2017年09月 
JST資料番号： A0294A  ISSN： 1549-9596  CODEN： JCISD8  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： Leishmania majorのペルオキシダーゼ(LmP)およびシトクロムC(LmCytc)複合体の解離機構を,複数の分子動力学(MD)シミュレーションを行うことで調べた。CHARMMおよびAMBERを用いたMDシミュレーションの結果から,複合体の解離の過程でLmCytcがLmPのヘリックスAに向かって移動し,それからLmCytcのArg24(R24_LmCytc)とLmPのAsp211(D211_LmP)の間のイオン対の切断が起きることが分かった。さらに,この切断に伴って解離したLmCytcは,滑るようにヘリックスAに向けて移動し,そこでR24_LmCytcおよびY134_LmP間のイオン対の形成を介して再びヘリックスAに結合した。変異体を用いた解析によっても,これらアミノ酸残基のLmPおよびLmCytc複合体における重要性が確認できた。これらの知見に基づいてLmPおよびLmCytc複合体の解離モデルを提示した。

シソーラス用語： *分子動力学 ,  *酸化還元高分子 ,  *タンパク質 ,  計算機シミュレーション ,  チトクロームc ,  *解離 ,  細胞生理 ,  ペルオキシダーゼ ,  Leishmania ,  プログラムパッケージ ,  *複合体 ,  ヘリックス構造 ,  切断 ,  イオン対 ,  結合 ,  突然変異体 ,  解析 ,  アミノ酸残基 ,  アミノ酸 ,  脂肪族アミン ,  脂肪族カルボン酸 ,  第一アミン
準シソーラス用語： 分子動力学シミュレーション ,  細胞内動態 ,  Leishmania major ,  AMBER ,  CHARMM ,  変異解析

分類 (2件)： 蛋白質・ペプチド一般  (EB03010N) ,  代謝一般  (EB02030C)

物質索引 (2件)： アスパラギン酸 ,  アルギニン

タイトルに関連する用語 (6件)： 分子動力学 ,  蛋白質酸化 ,  還元 ,  複合体 ,  解離 ,  洞察