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J-GLOBAL ID：201702280116026828   整理番号：17A1437070

Pythium軟腐病ショウガから回収された分離株のPCR-RFLP検出のSNPタイピングと開発に基づくPythium myriotylumの遺伝的変異【Powered by NICT】

Genetic variation in Pythium myriotylum based on SNP typing and development of a PCR-RFLP detection of isolates recovered from Pythium soft rot ginger

著者 (3件)： Le D.P. (School of Agriculture and Food Sciences, The University of Queensland, Brisbane, QLD, Australia) ,  Smith M.K. (Maroochy Research Station, Queensland Department of Agriculture and Fisheries, Nambour, QLD, Australia) ,  Aitken E.A.B. (School of Agriculture and Food Sciences, The University of Queensland, Brisbane, QLD, Australia)
資料名： Letters in Applied Microbiology  (Letters in Applied Microbiology)
巻： 65  号： 4  ページ： 319-326  発行年： 2017年 
JST資料番号： C0081C  ISSN： 0266-8254  CODEN： LAMIE7  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： Pythium myriotylumである異なる状態下でオーストラリアの両方におけるトウガラシとショウガ作物に重大な損失の原因である。病原体の種内ゲノム変異は多様な宿主攻撃性と病原性の違いを説明するかもしれない。本研究では,三種の宿主とPythium zingiberis分離株から回収された四のP.myriotylum分離株の全ゲノムデータを一塩基多型(SNP)に基づく配列多様性を導出し,解析した。多数真とユニークなSNPは,他のP.myriotylum分離株に比べてオーストラリアにおけるPythium軟腐病(PSR)の症状とショウガから得られたP.myriotylum分離株であった。全体として,SNPは核ゲノムに比べてミトコンドリアゲノムで発見された。SNPのうち,PSR P.myriotylum分離株の代表的な14種類の部分的に配列決定されたCoxII遺伝子のシトシン(C)チミン(T)への単一置換を配列決定することなし分離株の検出と同定のためのPCR-RFLPに用いたHinP1I酵素の制限部位内であった。PCR-RFLPは純粋培養の分離を必要とせずに人工的に感染させたショウガからPSR P.myriotylum株を検出するためにも感受性であった。研究の意義と影響:本研究は,複数の遺伝子の一塩基多型(SNP)遺伝子タイピングに基づく異なる宿主と起源から回収されたPythium myriotylum分離株の種内変異体の最初の研究である。発見されたSNPはCoxII遺伝子座のPCR-RFLPを用いたPythium軟腐病(PSR)ショウガから最初に単離されたP.myriotylum株の検出と同定のための有用なマーカーを提供する。PCR-RFLPは純粋培養の分離を必要とせずに,ポット試験から採取したPSRショウガから直接P.myriotylumを検出するためにも感受性であった。Copyright 2017 Wiley Publishing Japan K.K. All Rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： *ショウガ ,  感受性 ,  病原性 ,  *Pythium ,  病原体 ,  一塩基多型 ,  オーストラリア連邦 ,  *軟腐病 ,  ゲノム ,  トウガラシ
準シソーラス用語： 遺伝子タイピング ,  *遺伝的変異 ,  *Pythium myriotylum ,  *PCR-RFLP法 ,  *分離株 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： DNA抽出物 ,  遺伝的変異 ,  ゲノム配列決定 ,  制限酵素 ,  Zingiber officinale

分類 (2件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  微生物検査法  (EG02020G)

タイトルに関連する用語 (8件)： Pythium ,  軟腐病 ,  ショウガ ,  分離株 ,  PCR-RFLP ,  SNPタイピング ,  開発 ,  遺伝的変異