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J-GLOBAL ID：201702280171125653   整理番号：17A0758272

ライムギ(Secale cerealeL.)の全ゲノム配列に向けて【Powered by NICT】

Towards a whole-genome sequence for rye (Secale cereale L.)

著者 (16件)： Bauer Eva (Technical University of Munich, Plant Breeding, Liesel-Beckmann-Str. 2, 85354, Freising, Germany) ,  Schmutzer Thomas (Leibniz Institute of Plant Genetics and Crop Plant Research (IPK) Gatersleben, Corrensstr. 3, 06466, Stadt Seeland, Germany) ,  Barilar Ivan (Universitaet Hohenheim, Crop Biodiversity and Breeding Informatics, Fruwirthstr. 21, 70599, Stuttgart, Germany) ,  Mascher Martin (Leibniz Institute of Plant Genetics and Crop Plant Research (IPK) Gatersleben, Corrensstr. 3, 06466, Stadt Seeland, Germany) ,  Gundlach Heidrun (Helmholtz Zentrum Muenchen, Plant Genome and Systems Biology, Ingolstaedter Landstrasse 1, 85764, Neuherberg, Germany) ,  Martis Mihaela M. (Helmholtz Zentrum Muenchen, Plant Genome and Systems Biology, Ingolstaedter Landstrasse 1, 85764, Neuherberg, Germany) ,  Twardziok Sven O. (Helmholtz Zentrum Muenchen, Plant Genome and Systems Biology, Ingolstaedter Landstrasse 1, 85764, Neuherberg, Germany) ,  Hackauf Bernd (Julius Kuehn-Institute, Institute for Breeding Research on Agricultural Crops, Rudolf-Schick-Platz 3a, 18190, Sanitz, Germany) ,  Gordillo Andres (KWS LOCHOW GMBH, Ferdinand-von-Lochow-Str. 5, 29303, Bergen, Germany) ,  Wilde Peer (KWS LOCHOW GMBH, Ferdinand-von-Lochow-Str. 5, 29303, Bergen, Germany) ,  Schmidt Malthe (KWS LOCHOW GMBH, Ferdinand-von-Lochow-Str. 5, 29303, Bergen, Germany) ,  Korzun Viktor (KWS LOCHOW GMBH, Ferdinand-von-Lochow-Str. 5, 29303, Bergen, Germany) ,  Mayer Klaus F.X. (Helmholtz Zentrum Muenchen, Plant Genome and Systems Biology, Ingolstaedter Landstrasse 1, 85764, Neuherberg, Germany) ,  Schmid Karl (Universitaet Hohenheim, Crop Biodiversity and Breeding Informatics, Fruwirthstr. 21, 70599, Stuttgart, Germany) ,  Schon Chris-Carolin (Technical University of Munich, Plant Breeding, Liesel-Beckmann-Str. 2, 85354, Freising, Germany) ,  Scholz Uwe (Leibniz Institute of Plant Genetics and Crop Plant Research (IPK) Gatersleben, Corrensstr. 3, 06466, Stadt Seeland, Germany)
資料名： Plant Journal  (Plant Journal)
巻： 89  号： 5  ページ： 853-869  発行年： 2017年 
JST資料番号： A1374A  ISSN： 0960-7412  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： ライムギ(Secale cerealeL.)の全ゲノムドラフト配列を報告した。ライムギはコムギとオオムギに密接に関連した二倍体Triticeae種,中央及び東ヨーロッパにおける食品及び飼料用の重要な作物である。冬ライムギ近交系Lo7のMw7.9Gbpゲノムの全ゲノムショットガン配列決定により,全長2.8Gbpをカバーする百二十九万足場に代表されるde novo集合を得た。参照配列はほぼライムギゲノムの全低コピー部分を占める。このゲノム集合は配列決定されたイネ科ゲノムとの相同性に基づいた27784ライムギ遺伝子モデルを予測した。10ライムギ近交系の再配列と近縁野生種S.vaviloviiの1により,百万九十以上の単一ヌクレオチド変異体とライムギゲノムにおける短い挿入/欠失を発見した。これら変異体から,600843マーカーによる高密度Rye600kジェノタイピングアレイ,高密度遺伝子地図に沿った配列コンティグをアンカリングとシンテニーベース仮想遺伝子順序を求めることが可能となるを開発した。遺伝子型データを用い,ライムギ育種プールと遺伝資源の多様性を特性化し,分岐遺伝子プールを識別する選択信号のゲノムワイドマップを得るために用いた。ライムギ全ゲノム配列はTriticeaeゲノム研究におけるギャップを閉じ,,ライムギにおける比較ゲノミクス,機能研究及びゲノム育種にとって非常に有用であると思われる。Copyright 2017 Wiley Publishing Japan K.K. All Rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： オオムギ ,  相同性 ,  *ライムギ ,  遺伝資源 ,  二倍体 ,  キャラクタリゼーション ,  *ゲノム ,  遺伝子型 ,  コムギ ,  遺伝子地図 ,  育種
準シソーラス用語： ゲノミクス ,  野生種 ,  近交系 ,  *ゲノム配列 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (10件)： Secale cerealeL. ,  ライムギ ,  全ゲノムショットガン配列決定 ,  de novoゲノムアセンブリ ,  単一ヌクレオチド変異体 ,  Rye600k遺伝子タイピングアレイ ,  高密度遺伝子地図 ,  ライムギゲノムジッパー ,  diversity ,  選択信号

分類 (2件)： 麦  (FC03033M) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

タイトルに関連する用語 (3件)： ライムギ ,  Secale ,  ゲノム配列