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J-GLOBAL ID：201702280178398767   整理番号：17A1480140

膜蛋白質構造:計算モデリングツールのレビュー【Powered by NICT】

Membrane proteins structures: A review on computational modeling tools

著者 (6件)： Almeida Jose G. (CNC - Center for Neuroscience and Cell Biology, Rua Larga, FMUC, Polo I, 1°andar, Universidade de Coimbra, 3004-517, Coimbra, Portugal) ,  Preto Antonio J. (CNC - Center for Neuroscience and Cell Biology, Rua Larga, FMUC, Polo I, 1°andar, Universidade de Coimbra, 3004-517, Coimbra, Portugal) ,  Koukos Panagiotis I. (Bijvoet Center for Biomolecular Research, Faculty of Science - Chemistry, Utrecht University, Utrecht, Padualaan 8, 3584CH, The Netherlands) ,  Bonvin Alexandre M.J.J. (Bijvoet Center for Biomolecular Research, Faculty of Science - Chemistry, Utrecht University, Utrecht, Padualaan 8, 3584CH, The Netherlands) ,  Moreira Irina S. (CNC - Center for Neuroscience and Cell Biology, Rua Larga, FMUC, Polo I, 1°andar, Universidade de Coimbra, 3004-517, Coimbra, Portugal) ,  Moreira Irina S. (Bijvoet Center for Biomolecular Research, Faculty of Science - Chemistry, Utrecht University, Utrecht, Padualaan 8, 3584CH, The Netherlands)
資料名： Biochimica et Biophysica Acta  (Biochimica et Biophysica Acta)
巻： 1859  号： 10  ページ： 2021-2039  発行年： 2017年 
JST資料番号： B0207A  ISSN： 0005-2728  CODEN： BBBMBS  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 膜蛋白質(MP)は生きている生物における多様で重要な機能を果たしている。は既知の細菌,古細菌及び真核生物のゲノムの20%~30%を構成している。ヒトでは,すべての既知の薬剤標的の50%を代表するのでそれらの重要性を強調した。それにもかかわらず,その三次元(3D)構造の実験的決定は時間がかかり,かなり高価なことが証明されている,これは利用可能な実験法を補完し,貴重な洞察を提供する計算アルゴリズムの開発をもたらした。本レビューでは,膜蛋白質の重要性を強調し,計算法は,それらの実験的キャラクタリゼーションに関連する挑戦を克服できるかを検討した。分子動力学(MD)と機械学習(ML)などの方法に基づいて,脂質相互作用,アロステリック効果,と構造予測のような種々のMP構造的側面をカバーしている。アルゴリズム,ツールとのハイブリッドなアプローチ,両計算資源の増加と利用可能なデータの量と共に最近モデルMPにますます強力で信頼できるアプローチをもたらした。MPは,初等と本質的に重要であるにもかかわらず,それらの3次元構造の決定は挑戦的な試みであることが分かった。計算法は実験的方法に対する信頼できる代替法を提供した。本レビューでは,MPの3D構造を決定し,それらの結合界面を特性化するために計算技術に焦点を当てた。もMPの研究に利用できる最も関連するデータベースとソフトウェアプログラムを要約した。Copyright 2017 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： *膜タンパク質 ,  機械学習 ,  ゲノム ,  細菌 ,  ヒト ,  アルゴリズム ,  キャラクタリゼーション ,  古細菌 ,  データベース ,  相互作用 ,  分子動力学 ,  真核生物 ,  アロステリック効果 ,  三次元
準シソーラス用語： 三次元構造 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： 膜蛋白質 ,  計算モデリング ,  機械学習 ,  輸送体 ,  GPCR

分類 (2件)： 生体膜一般  (EF04010G) ,  蛋白質・ペプチド一般  (EB03010N)

タイトルに関連する用語 (4件)： 膜蛋白質構造 ,  計算モデリング ,  ツール ,  レビュー