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J-GLOBAL ID：201702280803816129   整理番号：17A1960094

小角X線散乱を用いたRNAのトポロジー的構造決定【Powered by NICT】

Topological Structure Determination of RNA Using Small-Angle X-Ray Scattering

著者 (10件)： Bhandari Yuba R. (Protein-Nucleic Acid Interaction Section, Structural Biophysics Laboratory, Center for Cancer Research, National Cancer Institute, National Institutes of Health, Frederick, MD 21702, United States) ,  Fan Lixin (Leidos Biomedical Research Inc., Frederick, MD 21702, United States) ,  Fang Xianyang (Protein-Nucleic Acid Interaction Section, Structural Biophysics Laboratory, Center for Cancer Research, National Cancer Institute, National Institutes of Health, Frederick, MD 21702, United States) ,  Zaki George F. (Data Science and Information Technology Program, Frederick National Laboratory for Cancer Research, Frederick, MD 21702, United States) ,  Stahlberg Eric A. (Data Science and Information Technology Program, Frederick National Laboratory for Cancer Research, Frederick, MD 21702, United States) ,  Jiang Wei (Argonne National Laboratory, Argonne, IL 60439, United States) ,  Schwieters Charles D. (Office of Intramural Research, Center for Information Technology, National Institutes of Health, Bethesda, MD 20892, United States) ,  Stagno Jason R. (Protein-Nucleic Acid Interaction Section, Structural Biophysics Laboratory, Center for Cancer Research, National Cancer Institute, National Institutes of Health, Frederick, MD 21702, United States) ,  Wang Yun-Xing (Protein-Nucleic Acid Interaction Section, Structural Biophysics Laboratory, Center for Cancer Research, National Cancer Institute, National Institutes of Health, Frederick, MD 21702, United States) ,  Wang Yun-Xing (NCI Small Angle X-ray Scattering Core Facility, Structural Biophysics Laboratory, National Cancer Institute, National Institutes of Health, Frederick, MD 21702, United States)
資料名： Journal of Molecular Biology  (Journal of Molecular Biology)
巻： 429  号： 23  ページ： 3635-3649  発行年： 2017年 
JST資料番号： D0124B  ISSN： 0022-2836  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： RNA三次元トポロジー構造の知識は,RNA構造要素と機能の間の関係に重要な洞察を提供した。構造拘束を含む生化学的および生物物理学的データの完全なセットが得られないことが多いようであるが,まだRNAの近似トポロジー折畳みに関する知識を得たい。この点で,最小の容易に入手可能な拘束を有するこのようなトポロジー構造を決定するための一般的な方法は不足している。裸のRNAである結晶化が困難であり,NMR分光法は一般的に小さいRNAフラグメントに限定されている。性質により,その配列は構造と駆動折畳みは配列内の自立する全ての相互作用を決定した。それにもかかわらず,実験的または系統発生データを添加しない限りは一次配列と三次元折畳みの間の僅かな明白な相関があった。このように,いくつかの実験データにより誘導されたRNAのトポロジー構造を迅速に決定できる,ロバストなハイスループット法の急性必要がある。RNAのトポロジー的折畳みを決定するRNA二次構造情報,小角X線散乱データ,容易に入手可能な三次接触情報を同化できる新しい方法(RS3D)を提案した。各グローブはヌクレオチドを表す立体配座は最初にグローブレベルでサンプリングした。最良ランク付けされたグローブのモデルによるとさらに,可能であれば,溶媒接近性データに対して精密化し,Xplor-NIHプログラムを用いたSAXSデータに対する精密化のための明示的全原子座標に変換することができる。RS3D構造データベースに存在する現在RNA折畳み構造の種類に広く適用できる。さらに,比較的大きなマルチドメインRNAの低分解能トポロジー構造を導出するプログラムの適用性と可能性を実証した。Copyright 2018 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： ロバスト性 ,  ヌクレオチド ,  *位相幾何学 ,  生化学 ,  精密化 ,  *RNA【核酸】 ,  相互作用 ,  NMR【磁気共鳴】 ,  結晶化 ,  近似法 ,  折畳み ,  三次元 ,  データベース ,  立体配座

著者キーワード (4件)： RNAトポロジー構造 ,  小角X線散乱 ,  階層的動き ,  RNA二次および三次構造

分類 (1件)： 核酸一般  (EB04010U)

タイトルに関連する用語 (3件)： 小角X線散乱 ,  RNA ,  トポロジー