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J-GLOBAL ID：201702281530610974   整理番号：17A1376411

分子動力学フレキシブルフィッティングシミュレーションは嚢胞性線維症膜透過コンダクタンスレギュレーター蛋白質の閉鎖状態の新しいモデルを同定する

Molecular Dynamics Flexible Fitting Simulations Identify New Models of the Closed State of the Cystic Fibrosis Transmembrane Conductance Regulator Protein

著者 (4件)： SIMHAEV Luba (Bar Ilan Univ., Ramat-Gan, ISR) ,  MCCARTY Nael A. (Emory Univ. School of Medicine, Georgia, USA) ,  FORD Robert C. (Univ. Manchester, Manchester, GBR) ,  SENDEROWITZ Hanoch (Bar Ilan Univ., Ramat-Gan, ISR)
資料名： Journal of Chemical Information and Modeling  (Journal of Chemical Information and Modeling)
巻： 57  号： 8  ページ： 1932-1946  発行年： 2017年08月 
JST資料番号： A0294A  ISSN： 1549-9596  CODEN： JCISD8  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 嚢胞性線維症(CF)膜透過コンダクタンス調節因子(CFTR)塩素チャンネルの変異によって引き起こされる致死的な遺伝病の療法探索に資するため,分子動力学的適合性フィッティング(MDFF)シミュレーションを使用して,ヒト蛋白質の低温電子顕微鏡EMマップに基づいて,従来のCFTRモデルを改良した。改良モデルは,二量体化ヌクレオチド結合ドメイン(NBD)を特徴とし,膜横断細孔は存在しない。さらに,MDFF軌道から導き出された新しいモデルのオープン確率は,開始モデルによる制御MD軌道から導かれる確率よりも有意に低かった。新たに見い出したコンホメーションは,ヌクレオチド結合および解離事象によって制御される小さなアロステリック移動を介した迅速なチャネルの開閉に関与し得ることを提案した。複数の研究室から発表されている高分解能低温EMマップとMDFFシミュレーションの組み合わせは,より信頼性の高いCFTRモデルの開発とCFTRのための結合サイトの同定に結び付くことを提案した。

シソーラス用語： *塩素チャンネル ,  *計算機シミュレーション ,  近似法 ,  嚢胞性線維症 ,  遺伝病 ,  ヒト ,  分子構造 ,  *電子顕微鏡観察 ,  二量化 ,  結合部位 ,  *立体配座 ,  アロステリック効果 ,  ABC輸送体 ,  データベース ,  タンパク質 ,  水素結合 ,  アクセシビリティ ,  膜貫通タンパク質
準シソーラス用語： *分子動力学シミュレーション ,  フィッティング【近似法】 ,  *嚢胞性線維症膜透過コンダクタンスレギュレータ ,  CFTR ,  蛋白質構造 ,  *低温電子顕微鏡法 ,  二量体化 ,  リガンド結合ドメイン ,  *蛋白質立体配座 ,  アロステリック調節 ,  ABCトランスポーター ,  蛋白質データバンク ,  ATP結合蛋白質 ,  溶媒接近性 ,  膜貫通ドメイン

分類 (4件)： 理論生物学一般  (EA02010D) ,  分子構造  (EB03020Y) ,  先天性疾患・奇形一般  (GD03010V) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (6件)： 分子動力学 ,  嚢胞性線維症膜透過コンダクタンスレギュレーター ,  蛋白質 ,  閉鎖 ,  モデル ,  同定