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J-GLOBAL ID：201702281626851676   整理番号：17A0896197

Intervene:複数の遺伝子またはゲノム領域セットのインターセクションと可視化のためのツール

Intervene: a tool for intersection and visualization of multiple gene or genomic region sets

著者 (3件)： KHAN Aziz (Univ. Oslo) ,  MATHELIER Anthony (Univ. Oslo) ,  MATHELIER Anthony (Oslo Univ. Hospital Radiumhospitalet)
資料名： BMC Bioinformatics (Web)  (BMC Bioinformatics (Web))
巻： 18  号： May  ページ： 18:287 (WEB ONLY)  発行年： 2017年05月 
JST資料番号： U7025A  ISSN： 1471-2105  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 背景:科学者のための共通作業はハイスループットシーケンシング実験に由来する遺伝子のリストまたはゲノム領域の比較に頼っている。遺伝子のセットを横断し,可視化する幾つかのツールが存在するが,ゲノム領域セットの可視化に特化した類似のツールは現在限定されている。結果:このギャップに取り組むため,ゲノム領域やリストのセットの効果的なインターセクションと可視化のための容易な自動化インターフェイスを提供し,それらの解析と解釈を促進するためのInterveneツールを開発した。Interveneは三つのモジュール,即ち6個までのセットのVennダイアグラムを生成するvenn,複数セットのUpSetプロットを生成するupset,およびクラスタ化ヒートマップとしての複数セットのインターセクションを計算機処理して可視化するpairwise,を含む。InterveneとそのインタラクティブウェッブであるShinyAppコンパニオンはゲノム領域とリストセットの解釈のための出版品質の図を生成する。結論:Interveneとそのウェッブアプリケーションコンパニオンは,複数のゲノムとリストセットのインターセクションをコンピュータ処理するための容易なコマンドラインとインタラクティブウェッブインターフェイスを提供する。それらは解釈が容易なビジュアルアプローチを用いてインターセクションをプロットする能力を持つ。Interveneはコンピュータ科学者と生物学者の両者のニーズに合致するように開発され,デザインされている。https://asntech.shinyapps.io/interveneで利用可能なウェッブアプリケーションと共に,ソースコードはhttps://bitbucket.org/CBGR/interveneにおいて無料で利用可能である。(翻訳著者抄録)

シソーラス用語： 遺伝子 ,  解析 ,  遺伝情報 ,  *遺伝学 ,  *可視化 ,  *遺伝学実験技術 ,  自動化 ,  インタフェイス ,  主題図 ,  オブジェクト指向言語 ,  プログラミング言語 ,  プログラムパッケージ ,  免疫沈降反応 ,  ES細胞
準シソーラス用語： 遺伝子解析 ,  ゲノム構造 ,  *ゲノム解析 ,  *データ可視化 ,  *ハイスループットヌクレオチド配列決定法 ,  ヒートマップ ,  Python言語 ,  R言語 ,  ChIP-seq法 ,  胚幹細胞

分類 (3件)： 遺伝学研究法  (EC01020N) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (4件)： 遺伝子 ,  ゲノム ,  可視化 ,  ツール