文献

J-GLOBAL ID：201702281781949386   整理番号：17A1640346

curliアミロイド線維サブユニットCsgAとCsgBの構造予測【Powered by NICT】

Structural predictions for curli amyloid fibril subunits CsgA and CsgB

著者 (3件)： DeBenedictis E. P. (Department of Civil and Environmental Engineering and Mechanical Engineering, Northwestern University, Evanston, Illinois 60208, USA. [e-mail]) ,  Ma D. ,  Keten S.
資料名： RSC Advances (Web)  (RSC Advances (Web))
巻： 7  号： 76  ページ： 48102-48112  発行年： 2017年 
JST資料番号： U7055A  ISSN： 2046-2069  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： カーリ(Curli)は,多くの腸内細菌から成長及び生物膜細胞外マトリックス(ECM)の構造的役割を果たしていることをアミロイド線維である。curli生合成は最も良く理解されているアミロイド形成経路の1つであるが,主要なサブユニットCsgAの正確な原子構造はまだ知られていない。CsgAの構造モデルとRobetta,クォーク,FALCON@homeとRaptorX蛋白質構造予測サーバを用いて得られた小サブユニットCsgBだけでなく,以前に発表されたモデルを評価した。著者らの目的は,(1)β-ヘリカル構造,(2)実験と一致してサイジング,(3)保存された残基間の配列,および(4)MDシミュレーションで安定性を示すことをCsgAとCsgBのモデルを同定または生成することである。この目的のために,付加的なCsgAモデルはこれらの基準を満たすのみCsgBモデル配列を通す(threading)ことによって作成した。静的モデルは最初の構造,サイジング,および残基配列の観点から評価した。さらに,短いMDシミュレーションは不安定性を示すモデルを除外するために使用されている。使用したサーバのうち,Robettaと猛禽類はβ-ヘリカル構造を生成した。全四選択基準を満たし,150nsシミュレーションにおいて安定であることをCsgAとCsgBの候補モデルを提案した。これらサブユニット構造モデルの開発は,curli特性の分子レベルでの研究を可能にするであろう。Copyright 2017 Royal Society of Chemistry All Rights reserved. Translated from English into Japanese by JST【Powered by NICT】

シソーラス用語： 原子構造 ,  生合成 ,  選択基準 ,  サイジング ,  シミュレーション ,  生物膜 ,  不安定性 ,  *サブユニット ,  細胞外マトリックス
準シソーラス用語： 残基 ,  蛋白質構造予測 ,  構造モデル ,  アミロイド形成 ,  *構造予測 ,  *アミロイド線維 , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (3件)： 分子構造  (EB03020Y) ,  生物学的機能  (EB03040U) ,  微生物の生化学  (EG03020N)

タイトルに関連する用語 (3件)： アミロイド線維 ,  サブユニット ,  構造予測