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J-GLOBAL ID：201702281922458157   整理番号：17A1327664

頭頸部扁平上皮癌におけるTP53およびNOTCH1遺伝子の共発現ネットワークおよび機能解析【JST・京大機械翻訳】

Co-expression network and function analysis of TP53 and NOTCH1 in head and neck squamous cell carcinoma

著者 (5件)： Zheng Yanqiu (内蒙古医科大学附属医院耳鼻咽喉科,内蒙古呼和浩特,010050) ,  Zhao Feifei (内蒙古医科大学附属医院耳鼻咽喉科,内蒙古呼和浩特,010050) ,  Cui Xiaobo (内蒙古医科大学附属医院耳鼻咽喉科,内蒙古呼和浩特,010050) ,  Hu Wenliang (内蒙古医科大学附属医院耳鼻咽喉科,内蒙古呼和浩特,010050) ,  Sun Xuewei (内蒙古医科大学附属医院耳鼻咽喉科,内蒙古呼和浩特,010050)
資料名： Ju Jie Shoushu Xue Zazhi  (Ju Jie Shoushu Xue Zazhi)
巻： 26  号： 3  ページ： 170-173  発行年： 2017年 
JST資料番号： C3347A  ISSN： 1672-5042  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： 中国 (CHN)  言語： 中国語 (ZH)

抄録/ポイント： 【目的】頭頸部扁平上皮癌におけるTP53とNOTCH1遺伝子の発現とそれらの役割を調査する。方法:TCGAデータベースにおける279例の頭頸部扁平上皮癌の第二世代シークエンシングサンプルを選択し、頭頚部扁平上皮癌における差異発現遺伝子のデータを得た。TP53遺伝子とNOTCH1遺伝子の共発現を,PearsonとSpearman法によって検出した。cbioportalを用いて,TP53およびNOTCH1と共発現した遺伝子をスクリーニングした。Stringデータベースを用いて,TP53-NOTCH1共発現ネットワークを構築した。KEGGデータベースを用いて,共発現ネットワーク遺伝子の濃縮経路を分析した。DAVIDデータベースを用いて,共発現ネットワークの機能を解析した。【結果】TCGAデータベースにおける頭頸部扁平上皮癌の標本において,2つの群の間には有意差があった。TP53とNOTCH1は共発現し、Stringデータベースにより、TP53とNOTCH1は共に182の共発現遺伝子のタンパク質に対して相互作用があり(Pearson=0.45;Spearman=0.41)、KEGG分析はこれらの共発現遺伝子がT cell receptor signaling pathwayに濃縮されたことを示した。cell cycleとcell adhesion moleculesなどの経路における(Pearson分率とSpearman分率はいずれも>0.3)。機能分析の結果、これらの共発現遺伝子の機能は主に免疫応答、転写制御、エネルギー代謝、細胞周期調節及び細胞アポトーシス調節などの関連機能(P<0.05)であることが分かった。結論:TP53とNOTCH1は,頭頸部扁平上皮癌において共発現した。TP53-NOTCH1共発現ネットワークと生物情報学分析を確立することにより、両者の頭頸部扁平上皮癌における協同作用及びその経路を発掘する。これらの結果は,頭頸部扁平上皮癌の分子機構の研究のための新しい参照を提供することができる。Data from Wanfang. Translated by JST【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *遺伝子 ,  データベース ,  タンパク質 ,  *ネットワーク ,  エネルギー代謝 ,  相互作用 ,  免疫反応 ,  *機能分析 ,  アポトーシス
準シソーラス用語： バイオインフォマティクス ,  転写調節 ,  KEGG ,  *共発現 ,  *TP53 ,  *頭頚部扁平上皮癌 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (4件)： head and neck squamous cell carcinoma ,  TP53 ,  NOTCH1 ,  co-expression network

分類 (2件)： 腫ようの化学・生化学・病理学  (GE02030N) ,  耳・鼻・咽頭・喉頭の腫よう  (GQ04000E)

タイトルに関連する用語 (5件)： 頭頸部扁平上皮癌 ,  TP53 ,  Notch1遺伝子 ,  共発現 ,  機能解析