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J-GLOBAL ID：201702282085392106   整理番号：17A1457253

16S rRNAアンプリコン配列決定に基づく腸内細菌病原性種の分類学的帰属における新鮮バジルと落とし穴の微生物群落プロファイリング【Powered by NICT】

Microbial community profiling of fresh basil and pitfalls in taxonomic assignment of enterobacterial pathogenic species based upon 16S rRNA amplicon sequencing

著者 (5件)： Ceuppens Siele (Laboratory of Food Microbiology and Food Preservation (LFMFP), Department of Food Safety and Food Quality, Faculty of Bioscience Engineering, Ghent University, Ghent, Belgium) ,  De Coninck Dieter (Laboratory of Pharmaceutical Biotechnology (LabFBT), Department of Pharmaceutics, Faculty of Pharmaceutical Sciences, Ghent University, Ghent, Belgium) ,  Bottledoorn Nadine (Scientific Service Food-borne Pathogens, Scientific Institute of Public Health, 14 Rue Juliette Wytsman, Brussels, Belgium) ,  Van Nieuwerburgh Filip (Laboratory of Pharmaceutical Biotechnology (LabFBT), Department of Pharmaceutics, Faculty of Pharmaceutical Sciences, Ghent University, Ghent, Belgium) ,  Uyttendaele Mieke (Laboratory of Food Microbiology and Food Preservation (LFMFP), Department of Food Safety and Food Quality, Faculty of Bioscience Engineering, Ghent University, Ghent, Belgium)
資料名： International Journal of Food Microbiology  (International Journal of Food Microbiology)
巻： 257  ページ： 148-156  発行年： 2017年 
JST資料番号： A0434C  ISSN： 0168-1605  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 食品試料に16S rRNA(遺伝子)アンプリコン配列決定の適用は,微生物多様性を評価するための適用が増加しているが,意図しない利点としても事前定義せずにヒト病原体の同時検出を可能にする。本研究では,16S rRNA遺伝子のV1-V2-V3領域のハイスループット次世代シークエンシング(NGS)は,新鮮なバジルの葉に存在する細菌を同定した。しかし,結果は,バイオインフォマティクス解析パイプライン(MEGAN,SILVAngs,QIIMEとMG-RAST)の変化,データベース選択(グリーンジーン,RDPとM5RNA)と注釈アルゴリズム(最良ヒット,代表的なヒットと最低共通祖先)を含むに強く影響された。デフォルトパラメータを持つパイプラインの使用は矛盾をもたらすであろう。16S rRNA(遺伝子)アンプリコン配列決定を用いた新鮮バジルの微生物多様性の推定は,示すがバイアスを受ける。Salmonella entericaは低周波数で検出され,細菌配列の0.1%と0.4%の間で,37~166読み取りと一致していた。しかし,この結果を用いて,パイプラインに依存していた:サルモネラ属はMEGAN,SILVAngsとMG-RASTではなくQIIMEにより検出された。リアルタイムPCRによるSalmonella配列の確認は成功しなかった。超可変領域V1-V3を含む16S rRNA遺伝子の短い(500bp)配列読み取りから得られた分類学的分解能は密接に関連した腸内細菌種とサルモネラ属の識別を可能にすることができないことを示した。結論として,食品の微生物生態学の研究における標準法の状態を,16Sアンプリコン配列決定は,結果の分析のために両生物情報学と微生物学の専門知識が必要である。細菌多様性がバイアスにを推定するための強力なツールである。いくつかの細菌種の分類学的分解能または準優占(病原性)種を検出できないことに関する限界は結果の過剰を避けるために認識すべきである。Copyright 2017 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： *病原性 ,  リアルタイムPCR法 ,  *ミクロフローラ ,  *rRNA ,  サルモネラ属 ,  ヒト ,  データベース ,  病原体 ,  食品 ,  遺伝子
準シソーラス用語： バイオインフォマティクス ,  16S rRNA遺伝子 ,  微生物多様性 ,  *アンプリコン ,  *16S rRNA , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (4件)： 食品病原体 ,  バイオインフォマティクス ,  16S rRNAデータベース ,  注釈アルゴリズム

分類 (3件)： 微生物検査法  (EG02020G) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  微生物形態学・分類学  (EG03030Y)

タイトルに関連する用語 (7件)： rRNA ,  アンプリコン ,  腸内細菌 ,  病原性 ,  バジル ,  微生物群落 ,  プロファイリング