文献

J-GLOBAL ID：201702282384902060   整理番号：17A1485135

から臨床試料完全ゲノムへ:ハイスループット深部配列決定のためのHIV-1RNAの抽出のための方法の比較【Powered by NICT】

From clinical sample to complete genome: Comparing methods for the extraction of HIV-1 RNA for high-throughput deep sequencing

著者 (20件)： Cornelissen Marion (Laboratory of Experimental Virology, Department of Medical Microbiology, Center for Infection and Immunity Amsterdam (CINIMA), Academic Medical Center of the University of Amsterdam, Meibergdreef 15, 1105 AZ Amsterdam, The Netherlands) ,  Gall Astrid (Wellcome Trust Sanger Institute, Wellcome Trust Genome Campus, Hinxton, Cambridge CB10 1SA, United Kingdom) ,  Vink Monique (Laboratory of Experimental Virology, Department of Medical Microbiology, Center for Infection and Immunity Amsterdam (CINIMA), Academic Medical Center of the University of Amsterdam, Meibergdreef 15, 1105 AZ Amsterdam, The Netherlands) ,  Zorgdrager Fokla (Laboratory of Experimental Virology, Department of Medical Microbiology, Center for Infection and Immunity Amsterdam (CINIMA), Academic Medical Center of the University of Amsterdam, Meibergdreef 15, 1105 AZ Amsterdam, The Netherlands) ,  Binter Spela (Wellcome Trust Sanger Institute, Wellcome Trust Genome Campus, Hinxton, Cambridge CB10 1SA, United Kingdom) ,  Edwards Stephanie (Wellcome Trust Sanger Institute, Wellcome Trust Genome Campus, Hinxton, Cambridge CB10 1SA, United Kingdom) ,  Jurriaans Suzanne (Laboratory of Clinical Virology, Department of Medical Microbiology, Center for Infection and Immunity Amsterdam (CINIMA), Academic Medical Center of the University of Amsterdam, Meibergdreef 15, 1105 AZ Amsterdam, The Netherlands) ,  Bakker Margreet (Laboratory of Experimental Virology, Department of Medical Microbiology, Center for Infection and Immunity Amsterdam (CINIMA), Academic Medical Center of the University of Amsterdam, Meibergdreef 15, 1105 AZ Amsterdam, The Netherlands) ,  Ong Swee Hoe (Wellcome Trust Sanger Institute, Wellcome Trust Genome Campus, Hinxton, Cambridge CB10 1SA, United Kingdom) ,  Gras Luuk (Stichting HIV Monitoring, 1105 BD Amsterdam, The Netherlands) ,  van Sighem Ard (Stichting HIV Monitoring, 1105 BD Amsterdam, The Netherlands) ,  Bezemer Daniela (Stichting HIV Monitoring, 1105 BD Amsterdam, The Netherlands) ,  de Wolf Frank (Department of Infectious Disease Epidemiology, School of Public Health, Imperial College London, London W21PG, UK) ,  Reiss Peter (Stichting HIV Monitoring, 1105 BD Amsterdam, The Netherlands) ,  Reiss Peter (Department of Global Health, Academic Medical Center, 1105 AZ Amsterdam, The Netherlands) ,  Reiss Peter (Amsterdam Institute of Global Health and Development, 1105 BM Amsterdam, The Netherlands) ,  Kellam Paul (Wellcome Trust Sanger Institute, Wellcome Trust Genome Campus, Hinxton, Cambridge CB10 1SA, United Kingdom) ,  Berkhout Ben (Laboratory of Experimental Virology, Department of Medical Microbiology, Center for Infection and Immunity Amsterdam (CINIMA), Academic Medical Center of the University of Amsterdam, Meibergdreef 15, 1105 AZ Amsterdam, The Netherlands) ,  Fraser Christophe (Department of Infectious Disease Epidemiology, School of Public Health, Imperial College London, London W21PG, UK) ,  van der Kuyl Antoinette C. (Laboratory of Experimental Virology, Department of Medical Microbiology, Center for Infection and Immunity Amsterdam (CINIMA), Academic Medical Center of the University of Amsterdam, Meibergdreef 15, 1105 AZ Amsterdam, The Netherlands)
資料名： Virus Research  (Virus Research)
巻： 239  ページ： 10-16  発行年： 2017年 
JST資料番号： A0381D  ISSN： 0168-1702  CODEN： VIREDF  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： BEEHIVE(ヨーロッパにおけるHIVの進化と疫学を埋める)プロジェクトは,病原性ウイルスの遺伝的寄与を検討するためのハイスループット大規模シークエンシング技術を用いたHIV-1感染ヨーロッパ人を>3000からほぼ完全なウイルスゲノムを解析することである。データを特性化する短配列読み取りの豊度からより大きな隣接配列(コンティグ)を生成する,RNAウイルスゲノムのための新しいde novoアセンブラを含む計算パイプラインの開発に続いて,ゲノム配列決定成功を決定するもう一つの分野は投入されたRNAの品質と量である。125患者の血漿試料を用いたパイロット実験を行っ長アンプリコンゲノム配列決定のためのHIV-1ウイルスRNAの単離のための最適な方法を検討した。QIAampウイルスRNAミニキット(Qiagen)による手動分離は,MagNA Pure96装置(Roche Diagnostics)と組み合わせたQIAcubeロボットシステム,m2000spシステム(Abbott分子)による自動抽出とmSample調製システムRNAキット,MagNA Pure96システムを用いたロボット抽出したRNAよりも優れていた。~1.9、3.6、3.0および3.5kb,とほぼ完全なウイルスゲノムのその後の回復の四HIV-1アンプリコンの増幅をスコア化した。616BEEHIVE患者試料はウイルスRNA分離のためのQIAampウイルスRNAキットを用いた四重複アンプリコンにおけるゲノムの増幅に影響する因子を決定するために分析した。低血漿ウイルス負荷と高い試料年齢(1999年以前の貯蔵)の両方は,>3kbウイルスアンプリコンの増幅に負の影響を及ぼした。>100,000コピー/mlの血漿ウイルス量は試料の86%の全四アンプリコンの増幅に成功した,この値は<20,000コピー/mlのウイルス負荷の試料で46%に低下した。Copyright 2017 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： 疫学 ,  *RNA【核酸】 ,  患者 ,  病原性 ,  *ゲノム ,  *HIV1 ,  ヨーロッパ ,  血漿 ,  キャラクタリゼーション ,  ウイルス ,  *HIV【ウイルス】
準シソーラス用語： ウイルスRNA ,  アンプリコン ,  ゲノム配列 ,  ウイルスゲノム , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： HIV-1 ,  完全ゲノム ,  RNAの単離 ,  QIAampウイルス分離キット ,  ハイスループット大規模シークエンシング

分類 (2件)： ウイルス学一般  (EG04010J) ,  ウイルスによる植物病害  (FC04054G)

タイトルに関連する用語 (6件)： 臨床 ,  試料 ,  ゲノム ,  ハイスループット ,  深部 ,  HIV-1RNA