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J-GLOBAL ID：201702282963745714   整理番号：17A1256954

Hadoopフレームワークに基づいた高速でスケーラブルな蛋白質モチーフ配列クラスタリング【Powered by NICT】

Fast and scalable protein motif sequence clustering based on Hadoop framework

著者 (5件)： Farhangi Erfan (Department of Electrical and Computer Engineering, Isfahan University of Technology, Isfahan 84156-83111, Iran) ,  Ghadiri Nasser (Department of Electrical and Computer Engineering, Isfahan University of Technology, Isfahan 84156-83111, Iran) ,  Asadi Mahsa (Department of Electrical and Computer Engineering, Isfahan University of Technology, Isfahan 84156-83111, Iran) ,  Nikbakht Mohammad Amin (Department of Electrical and Computer Engineering, Isfahan University of Technology, Isfahan 84156-83111, Iran) ,  Pitre Sylvain (Research Computing Services, Carleton University, Ottawa, Canada)
資料名： IEEE Conference Proceedings  (IEEE Conference Proceedings)
巻： 2017  号： ICWR  ページ： 24-31  発行年： 2017年 
JST資料番号： W2441A  資料種別： 会議録 (C)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 近年では,Web上で大量の散発性非構造化データのに直面している。そのようなデータの爆発的な成長に伴い,情報を分析し,抽出するクラスタリングのような有効な方法の必要性が高まっている。生物学的データは,Web上の非構造化データの重要な部分を形成する。蛋白質配列データベースは,生物学的データの一次源として考慮した。クラスタリングは,相同性と機能的に類似した群に配列を構成するのに役立つことができ,データ処理と解析の速度を向上させることができる。蛋白質は細胞での活性の大部分の原因である。蛋白質の大部分は他の蛋白質との相互作用を介してその機能を示した。,蛋白質相互作用の予測は生物医学科学における重要な研究分野である。モチーフは蛋白質配列に多発断片である。蛋白質相互作用を特定するためのよく知られた方法はモチーフクラスタリングに基づいている。モチーフクラスタリング法に関する既存の研究は,クラスタの数の制限の問題を共有している。しかし,モチーフの膨大な量と大きな数のクラスタの必要性については,効率的,スケーラブルかつ迅速な方法であるこのような多数配列をクラスター化する必要があると思われる。本論文では,多数のモチーフのをクラスタ化するために新しいアプローチを提案した。著者らの方法は,蛋白質配列,特徴選択,前処理,次元縮小領域内のモチーフを抽出し,MapReduceプログラミングを利用するHadoop骨格を有するいくつかの分散ノードにBigFCM(大規模ファジィクラスタリング)を利用した含んでいる。実験結果により,提案アプローチの非常に良好な性能を示した。Copyright 2017 The Institute of Electrical and Electronics Engineers, Inc. All Rights reserved. Translated from English into Japanese by JST【Powered by NICT】

シソーラス用語： *クラスタ ,  データベース ,  計算機プログラミング ,  *クラスタ化 ,  特徴選択 ,  相同性 ,  Web【情報システム】 ,  前処理 ,  データ処理 ,  次元縮小 ,  相互作用 ,  *タンパク質
準シソーラス用語： 蛋白質間相互作用 ,  非構造化データ ,  *Hadoop , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (2件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B) ,  蛋白質・ペプチド一般  (EB03010N)

タイトルに関連する用語 (5件)： Hadoop ,  フレームワーク ,  蛋白質 ,  モチーフ ,  クラスタリング