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J-GLOBAL ID：201702283002679309   整理番号：17A0410853

自己集合環状ペプチドナノチューブの安定性に及ぼすグルコース誘導体置換と環状ペプチド直径効果関節QM/MD研究【Powered by NICT】

Glucose derivatives substitution and cyclic peptide diameter effects on the stability of the self-assembled cyclic peptide nanotubes; a joint QM/MD study

著者 (3件)： Khavani Mohammad (Department of Chemistry, Faculty of Sciences, Ferdowsi University of Mashhad, Mashhad, Iran) ,  Izadyar Mohammad (Department of Chemistry, Faculty of Sciences, Ferdowsi University of Mashhad, Mashhad, Iran) ,  Housaindokht Mohammad Reza (Department of Chemistry, Faculty of Sciences, Ferdowsi University of Mashhad, Mashhad, Iran)
資料名： Journal of Molecular Graphics & Modelling  (Journal of Molecular Graphics & Modelling)
巻： 71  ページ： 28-39  発行年： 2017年 
JST資料番号： B0044D  ISSN： 1093-3263  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 動的挙動とシクロの一般的構造(CO(CH_2)n=4 6 10COCyst),ガス相では,水とクロロホルムを有する環状ペプチド(CP)から成る十八ナノ構造の安定性は50ns分子動力学(MD)シミュレーションで調べた。CP二量体と環状ペプチドナノチューブ(CPNT)は水よりもクロロホルム中のほうがより安定であり,この安定性はCP単位の環サイズと逆相関した。安定性とCP二量体とCPNTの他の物理化学的性質に及ぼすグルコース誘導体置換,D-グルコース(S1)とN メチル d グルカミン(S2),の影響を評価した。これらの置換は,これらの構造の安定性を増大させる内部サブユニット水素結合(H-結合)を増加させた。さらに,S1と比較してS2置換は二量体とCPNTをより安定にする。MM-PBSAおよびMM-GBSA計算に基づくGibbs自由エネルギー解析は,置換が調べたナノ構造の安定性に影響し,かなりCPNT単位の長さの増加は,それらの安定性を減少させることを確認した。密度汎関数理論(DFT)とDFT-D3法を用いて二量体構造についての量子化学計算を行った。DFT-D3計算に基づいて,分散相互作用は二量化プロセスにおいて重要な役割を果たすことが明らかになった。環の大きさの増加が,MD結果と一致する分散相互作用エネルギーを上昇させる。二量体内部CP単位のCOとNH基の間の水素結合形成は分子と自然結合軌道記述における原子の量子理論を用いて解析した。最後に,これらの解析を通して,言及した基の間の静電相互作用を評価した。Copyright 2017 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： 密度汎関数法 ,  量子論 ,  *自己集合 ,  二量体 ,  *シクロペプチド ,  静電相互作用 ,  水素結合 ,  ナノ構造 ,  Gibbs自由エネルギー ,  分子動力学 ,  気相 ,  脂肪族塩素化合物 ,  トリハロメタン
準シソーラス用語： 分散相互作用 ,  *ペプチドナノチューブ ,  *環状 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： 分子動力学シミュレーション ,  DFT-D3計算 ,  環状ペプチドナノチューブ ,  分散相互作用エネルギー ,  水素結合

分類 (1件)： 分子化合物  (CE02000C)

物質索引 (1件)： クロロホルム

タイトルに関連する用語 (10件)： 自己集合 ,  環状ペプチド ,  ナノチューブ ,  安定性 ,  グルコース誘導体 ,  置換 ,  直径 ,  関節 ,  Md ,  研究