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J-GLOBAL ID：201702283084232422   整理番号：17A0499378

RNA UUCG四塩基ループの自由エネルギーランドスケープにおける多重極小の同時NMRキャラクタリゼーション

Simultaneous NMR characterisation of multiple minima in the free energy landscape of an RNA UUCG tetraloop

著者 (5件)： Borkar Aditi N. (Department of Chemistry, University of Cambridge, Cambridge CB2 1EW, UK. [e-mail]) ,  Vallurupalli Pramodh ,  Camilloni Carlo ,  Kay Lewis E. ,  Vendruscolo Michele
資料名： Physical Chemistry Chemical Physics  (Physical Chemistry Chemical Physics)
巻： 19  号： 4  ページ： 2797-2804  発行年： 2017年 
JST資料番号： A0271C  ISSN： 1463-9076  CODEN： PPCPFQ  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 溶液中のRNA分子は比較的大きな振れ幅の構造ゆらぎを受け,異なる立体配座の範囲にポピュレーションを有し,その一部はポピュレーションが低くなる傾向がある。しかし,これらのポピュレーションの低い状態の構造をキャラクタリゼーションすることおよびそれらの機能上の役割を理解することはいまだに非常に難しい。本研究においてはレプリカ平均メタ動力学(RAM)シミュレーションにおける構造制約としてNMR残留双極子結合(RDC)を用いてこの問題を取扱った。プロトタイプUUCG四塩基ループのモチーフを含む14塩基RNAヘアピンにこの手法を適用することによってこのRNA分子の自由エネルギーランドスケープを構築することが可能であることを示した。この自由エネルギーランドスケープは,UUCG四塩基ループの驚くほど豊かな動力学を明らかにし,熱ゆらぎに起因して平衡状態で存在する複数の準状態を特定した。報告した手法は一般的であり,他のRNAまたはRNA-蛋白質システムの自由エネルギーランドスケープの研究に適用することができる。Copyright 2017 Royal Society of Chemistry All Rights reserved. Translated from English into Japanese by JST

シソーラス用語： *自由エネルギー ,  *立体配座 ,  *RNA【核酸】 ,  *ループ ,  NMR【磁気共鳴】 ,  ヘアピン構造 ,  計算機シミュレーション
準シソーラス用語： エネルギーランドスケープ

分類 (2件)： 物理化学一般その他  (CB01030T) ,  核酸一般  (EB04010U)

タイトルに関連する用語 (7件)： RNA ,  塩基 ,  ループ ,  エネルギーランドスケープ ,  多重極 ,  NMR ,  キャラクタリゼーション