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J-GLOBAL ID：201702283434231555   整理番号：17A1838516

ブタ流行性下痢ウイルス分離株の全ゲノム配列解析【JST・京大機械翻訳】

Analysis of Complete Genome Sequence of Porcine Epidemic Diarrhea Virus CH-SXCH11-2015

著者 (11件)： Liu Wenjun (山西省農業科学院畜牧獣医研究所,山西太原,030032) ,  Fan Zhenhua (山西省農業科学院畜牧獣医研究所,山西太原,030032) ,  Wang Juanping (山西省農業科学院畜牧獣医研究所,山西太原,030032) ,  Yao Jingming (山西省農業科学院畜牧獣医研究所,山西太原,030032) ,  Wu Xin (山西省農業科学院畜牧獣医研究所,山西太原,030032) ,  Meng Fan (山西省農業科学院畜牧獣医研究所,山西太原,030032) ,  Han Yichao (山西省農業科学院畜牧獣医研究所,山西太原,030032) ,  Xue Yipeng (山西省農業科学院畜牧獣医研究所,山西太原,030032) ,  Mi Ruijuan (山西省農業科学院畜牧獣医研究所,山西太原,030032) ,  Li Hongli (山西省農業科学院畜牧獣医研究所,山西太原,030032) ,  Zhao Yue (山西省農業科学院畜牧獣医研究所,山西太原,030032)
資料名： Dongwu Yixue Jinzhan  (Dongwu Yixue Jinzhan)
巻： 38  号： 6  ページ： 6-12  発行年： 2017年 
JST資料番号： C3581A  ISSN： 1007-5038  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： 中国 (CHN)  言語： 中国語 (ZH)

抄録/ポイント： RT-PCRによって増幅されたPEDVCH-SXCH11-2015の全ゲノム配列を配列決定し,配列解析により,CH-SXCH11-2015の全長は28038bpで,CV777より5bp長いことを示した。それは,BJ-2011-1と最も高い相同性(98.9%)を示した。LZCとSM98の相同性は最も低く、96.6%S遺伝子の全長はいずれも4161bpであり、突然変異は主にS1区に発生し、相同性分析により示された。CH-SXCH11-2015のヌクレオチド相同性は,BJ-2011-1とCH/ZJJS-Z/2012のそれらと比較して98.9%であり,SM98と最も低い相同性は93.6%であった。CV777およびCV777vaccineとの相同性は,それぞれ94.2%および93.8%CH-SXCH11-2015Sのアミノ酸配列とCH/ZJJS-Z/2012の間で98.3%であった。CV777vaccine,SQ2012との相同性は91.8%で,CV777との相同性は92.9%のORF3遺伝子の長さは675bpであり,ヌクレオチド挿入と欠失はなく,相同性解析は以下のことを示した。CH3遺伝子はCH/HBQX/10と最も高い相同性(99.3%)を有し,CV777 truncatedのヌクレオチドと最も低い相同性を示した。これらの結果は,90.6%のCH3-CHX/11,CH/HBQX/10,CHS/S,CH/SHH/06,CH/TJ-2012,CH/ZKXH/11,CPF299,GZGY-10,PFF188,PFF285の相同性が最も高いことを示した。98.7%;CV777 truncated株と最も低く、888%CH-SXCH11-2015のORF3遺伝子とCV777、attenuated DR13のヌクレオチド相同性はそれぞれ96.6%と97.6%であった。アミノ酸の相同性は,それぞれ95.1%と97.1%であった。遺伝的進化の分析により,CH-SXCH11-2015の全ゲノム,S遺伝子,ORF3遺伝子は2010年以降に分離された株と密接な関係があることが明らかになった。CV777、2つのワクチン株(attenuated DR13、CV777vaccine)との近縁関係は遠い。Data from Wanfang. Translated by JST【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *ゲノム ,  アミノ酸配列 ,  遺伝 ,  アミノ酸 ,  RT-PCR法 ,  遺伝子 ,  ヌクレオチド ,  相同性 ,  突然変異
準シソーラス用語： ワクチン株 ,  S遺伝子 ,  *配列解析 ,  *ゲノム配列 ,  *分離株 ,  ブタ流行性下痢ウイルス , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (1件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

タイトルに関連する用語 (4件)： ブタ流行性下痢ウイルス ,  分離株 ,  ゲノム ,  配列解析