文献

J-GLOBAL ID：201702283620159880   整理番号：17A0478444

de novoトランスクリプトーム集合プログラムの総合評価および差次的遺伝子発現解析に及ぼすその影響

Comprehensive evaluation of de novo transcriptome assembly programs and their effects on differential gene expression analysis

著者 (2件)： WANG Sufang (Purdue Univ., IN, USA) ,  GRIBSKOV Michael (Purdue Univ., IN, USA)
資料名： Bioinformatics  (Bioinformatics)
巻： 33  号： 3  ページ： 327-333  発行年： 2017年02月01日 
JST資料番号： T0478A  ISSN： 1367-4803  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： Arabidopsis thalianaからのRNA-seqデータセットを用いて,BinPacker,Bridger,IDBA-tra,Oases-Velvet,SOAPdenovo-Trans,SSP,Trans-ABySSおよびTrinityを含む8つのプログラムを用いてトランスクリプトーム集合を産生した。参照ゲノム塩基および遺伝子被覆,トランスクリプトーム集合塩基被覆,キメラの数および回収された転写産物の数に関して,集合品質を測定した。SOAPdenovo-Transが塩基被覆において最善であり,Trans-ABySSは遺伝子被覆および回収された転写産物の数において最善の性能を示した。

シソーラス用語： *突然変異 ,  *トランスクリプトーム ,  *計算機プログラム ,  *遺伝子発現 ,  Arabidopsis thaliana ,  遺伝学実験技術 ,  ヌクレオチド配列 ,  集合 ,  データ ,  ゲノム ,  塩基 ,  遺伝子 ,  キメラ ,  RNA【核酸】 ,  転写【遺伝】
準シソーラス用語： *de novo突然変異 ,  *差次的遺伝子発現 ,  RNA-seq ,  データセット ,  転写産物

分類 (3件)： 遺伝的変異  (EC01030Y) ,  数値計算  (JE02000J) ,  遺伝子発現  (EC02040Q)

タイトルに関連する用語 (5件)： トランスクリプトーム ,  集合 ,  総合評価 ,  差次的遺伝子発現 ,  解析