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J-GLOBAL ID：201702283761131213   整理番号：17A1694016

分子力学ポアソン-ボルツマン表面面積対絶対結合自由エネルギー計算の成績に関する統計的解析:事例研究としてのブロモドメイン

Statistical Analysis on the Performance of Molecular Mechanics Poisson-Boltzmann Surface Area versus Absolute Binding Free Energy Calculations: Bromodomains as a Case Study

著者 (5件)： ALDEGHI Matteo (Univ. Oxford, Oxford, GBR) ,  BODKIN Michael J. (Evotec (U.K.) Ltd., Abingdon, GBR) ,  KNAPP Stefan (Univ. Oxford, Oxford, GBR) ,  KNAPP Stefan (Johann Wolfgang Goethe-Univ., Frankfurt am Main, DEU) ,  BIGGIN Philip C. (Univ. Oxford, Oxford, GBR)
資料名： Journal of Chemical Information and Modeling  (Journal of Chemical Information and Modeling)
巻： 57  号： 9  ページ： 2203-2221  発行年： 2017年09月 
JST資料番号： A0294A  ISSN： 1549-9596  CODEN： JCISD8  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 蛋白質-リガンドの相互作用解析を行うのに高い計算能力を必要とする絶対結合自由エネルギー(ABFE)計算と高い計算能力を必要としない分子力学ポアソン-ボルツマン表面面積(MMPBSA)計算について,3種類のブロモドメイン-阻害剤ペアの結合自由エネルギーを求めることで比較を行った。MMPBSAとして標準単一軌跡プロトコル,結合エントロピーの評価を加えたプロトコル,およびリガンド水和層を考慮したプロトコルを用いた。標準単一軌跡プロトコルを用いた際の重み付け平均ピアソン相関係数およびスピアマン相関係数は,それぞれ0.25および0.31だった。結合エントロピーの評価を加えたプロトコルでのそれらは0.55および0.56であり,リガンド水和層を考慮したプロトコルでは0.53および0.55だった。これに対して,ABFE計算におけるそれらは0.64および0.66であり,MMPBSAの3つのプロトコルのいずれよりも優れていた。蛋白質-リガンドの相互作用の解析において最も優れた方法はABFE計算だが,計算コストを減らす必要がある場合には結合エントロピーあるいはリガンド水和層を考慮したMMPBSAも利用できると結論付けた。

シソーラス用語： *Poisson方程式 ,  *Boltzmann方程式 ,  *表面積 ,  *自由エネルギー ,  *分子内力学 ,  *統計解析 ,  *エネルギー計算 ,  *結合部位 ,  分子間相互作用 ,  薬物 ,  軌跡 ,  *事例研究 ,  エントロピー ,  相関係数 ,  水和
準シソーラス用語： MMPBSA ,  Pearson相関係数 ,  スピアマン相関係数 ,  *ブロモドメイン ,  *結合自由エネルギー ,  *自由エネルギー計算 ,  阻害剤 ,  蛋白質リガンド相互作用

分類 (3件)： 分子構造  (EB03020Y) ,  電磁気学一般  (BD01020N) ,  計算機シミュレーション  (JE11000H)

タイトルに関連する用語 (8件)： 分子力学 ,  表面面積 ,  結合自由エネルギー ,  計算 ,  成績 ,  統計的解析 ,  研究 ,  ブロモドメイン