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J-GLOBAL ID：201702284192914490   整理番号：17A1238873

ヘモグロビンの動的差と新しい動力学アラインメント法により明らかにされた異なる状態におけるイオンチャネル型グルタミン酸受容体【Powered by NICT】

Dynamical differences of hemoglobin and the ionotropic glutamate receptor in different states revealed by a new dynamics alignment method

著者 (2件)： Tobi Dror (Department of Computer Sciences, Ariel University, Ariel, 40700, Israel) ,  Tobi Dror (Department of Molecular Biology, Ariel University, Ariel, 40700, Israel)
資料名： Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics  (Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics)
巻： 85  号： 8  ページ： 1507-1517  発行年： 2017年 
JST資料番号： T0761A  ISSN： 0887-3585  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 蛋白質動力学の比較のための新しいアルゴリズムを提示した。比較蛋白質構造が重畳したおよび運動のモードは異方性ネットワークモデルを用いて計算した。得られたモードは,NeedlemanとWunschの動的計画法アルゴリズム,配列アラインメントのための一般的に使用されるを用いて整列させた。TとR2状態におけるヘモグロビンの動力学的比較はアロステリックエフェクター2,3 ビスホスホグリセラート結合部位の動力学は二状態で異なることを明らかにした。これらの違いは,T状態に対するエフェクターの選択性に貢献することができる。カイニン酸+(R,R) 2BとZK束縛状態におけるイオンチャネル型グルタミン酸受容体の同様な比較はカイニン酸+(R,R) 2B束縛状態遅いモードは配位子結合ドメインと膜貫通ドメイン領域の上向き運動を記述することを明らかにした。このような運動は受容体の開口をもたらす可能性がある。ZK束縛状態のLBDの上葉は,それらの上部におけるアミノ末端ドメインを持つ小さい界面を有し,一緒に移動する優れた能力を持っている。本研究では,蛋白質機能を研究するツールとしての動力学比較の使用を例示した。Copyright 2017 Wiley Publishing Japan K.K. All Rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： *受容体 ,  *ヘモグロビン ,  結合部位 ,  アルゴリズム ,  動的計画法 ,  *アラインメント ,  束縛状態 ,  異方性
準シソーラス用語： 蛋白質機能 ,  アロステリック調節因子 ,  配列アライメント ,  ネットワークモデル ,  蛋白質構造 ,  蛋白質動力学 ,  *イオンチャンネル型グルタミン酸受容体 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： 異方性ネットワークモデル ,  基準モード解析 ,  動力学アラインメント ,  向イオン性グルタミン酸受容体 ,  ヘモグロビン

分類 (2件)： 蛋白質・ペプチド一般  (EB03010N) ,  分子構造  (EB03020Y)

タイトルに関連する用語 (4件)： ヘモグロビン ,  動力学 ,  アラインメント ,  イオンチャネル型グルタミン酸受容体