文献

J-GLOBAL ID：201702284349892449   整理番号：17A1113274

FunChIP ChIP-seq形状の機能的分類のためのR/Bioconductorパッケージ

FunChIP: an R/Bioconductor package for functional classification of ChIP-seq shapes

著者 (7件)： PARODI Alice C. L. (Politecnico di Milano, Milan, ITA) ,  SANGALLI Laura M. (Politecnico di Milano, Milan, ITA) ,  VANTINI Simone (Politecnico di Milano, Milan, ITA) ,  AMATI Bruno (Fondazione Istituto Italiano di Tecnologia, Milan, ITA) ,  AMATI Bruno (European Inst. of Oncology, Milan, ITA) ,  SECCHI Piercesare (Politecnico di Milano, Milan, ITA) ,  MORELLI Marco J. (Fondazione Istituto Italiano di Tecnologia, Milan, ITA)
資料名： Bioinformatics  (Bioinformatics)
巻： 33  号： 16  ページ： 2570-2572  発行年： 2017年08月15日 
JST資料番号： T0478A  ISSN： 1367-4803  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： クロマチン免疫沈降ついでChIP-seqは,蛋白質-DNA相互作用またはクロマチン修飾に対応するゲノム(ピーク)における配列読取の局所蓄積を生ずる。その形体の機能表示に従ってピークをクラスタ化するためのR/Bioconductorパッケージを示した。Bスプラインによるそのプロファイルの近似後FunChIPはその機能性距離を最小化させ,k-平均アラインメントおよびクラスタ化アルゴリズムを応用してピークを分類する。

シソーラス用語： *免疫沈降反応 ,  *DNAマイクロアレイ ,  *ヌクレオチド配列 ,  *プログラミング言語 ,  *プログラムパッケージ ,  クロマチン ,  分子間相互作用 ,  DNA【核酸】 ,  DNA結合タンパク質 ,  タンパク質核酸複合体 ,  翻訳後修飾 ,  遺伝子発現 ,  化学修飾 ,  ゲノム ,  クラスタ化 ,  Bスプライン ,  仕様 ,  特性 ,  近似法 ,  クラスタ分析 ,  平均法 ,  アラインメント ,  アルゴリズム
準シソーラス用語： *ChIP-seq法 ,  *Rパッケージ ,  クロマチン免疫沈降 ,  蛋白質-DNA相互作用 ,  クロマチン修飾 ,  プロファイル【情報技術】 ,  近似 ,  k-平均法

分類 (3件)： バイオアッセイ  (EA03060N) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  応用プログラミング言語  (JD03052Y)

タイトルに関連する用語 (3件)： CHIP ,  分類 ,  パッケージ