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J-GLOBAL ID：201702285151374631   整理番号：17A0883062

van der Waals項を持つ不均一誘電体一般化Bornモデルは膜に埋め込まれた膜貫通ヘリックスの改良された結合エネルギーを提供する【Powered by NICT】

Heterogeneous dielectric generalized Born model with a van der Waals term provides improved association energetics of membrane-embedded transmembrane helices

著者 (3件)： Dutagaci Bercem (Department of Biochemistry and Molecular Biology, Michigan State University, East Lansing, Michigan, 48824) ,  Sayadi Maryam (Department of Chemistry, Michigan State University, East Lansing, Michigan, 48824) ,  Feig Michael (Department of Biochemistry and Molecular Biology, Michigan State University, East Lansing, Michigan, 48824)
資料名： Journal of Computational Chemistry  (Journal of Computational Chemistry)
巻： 38  号： 16  ページ： 1308-1320  発行年： 2017年 
JST資料番号： C0111B  ISSN： 0192-8651  CODEN： JCCHDD  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 不均一誘電体一般化Born(HDGB)潜在的膜形式は,溶媒和の自由エネルギーの非極性成分をより良く記述するためにvan der Waals分散項の添加により拡張した。HDGBvdWと呼ぶ新しいモデルは膜の疎水性内部,極性及び荷電種が稀に見出されると非極性相互作用が顕著になるがエネルギー推定値を改善する。膜環境のための陰的van der Waals項は膜成分のそれぞれからの寄与を組み合わせることによりGallicchioら(J.Comput.Chem.2004、25、479)からモデルを拡張した。HDGBvdWモデルは一連のアミノ酸側鎖類似体と膜貫通ヘリックスの膜挿入と対会合プロファイルの範囲のテストケースで検証した。全体として,HDGBvdWモデルは明確な膜シミュレーション結果と実験データとの一致を増加させた。Copyright 2017 Wiley Publishing Japan K.K. All Rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： 推定量 ,  溶媒和 ,  極性 ,  *誘電体 ,  アミノ酸 ,  自由エネルギー ,  シミュレーション ,  電荷 ,  側鎖 ,  非極性 ,  相互作用 ,  *結合エネルギー ,  類似物質 ,  疎水性
準シソーラス用語： *膜貫通ヘリックス , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (3件)： 陰的膜モデル ,  一般化Born定式化 ,  膜貫通ヘリックス二量体

分類 (2件)： 分子化合物  (CE02000C) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (7件)： VAN ,  不均一 ,  誘電体 ,  一般化 ,  モデル ,  膜貫通ヘリックス ,  結合エネルギー