MultiDataSet:多重データセットをカプセル化してデータ統合を行うためのアプリケーションであるRパッケージ

HERNANDEZ-FERRER Carles; HERNANDEZ-FERRER Carles; HERNANDEZ-FERRER Carles; RUIZ-ARENAS Carlos; RUIZ-ARENAS Carlos; RUIZ-ARENAS Carlos; BELTRAN-GOMILA Alba; BELTRAN-GOMILA Alba; BELTRAN-GOMILA Alba; GONZALEZ Juan R.; GONZALEZ Juan R.; GONZALEZ Juan R.

文献

J-GLOBAL ID：201702286333121406 整理番号：17A0307018

MultiDataSet:多重データセットをカプセル化してデータ統合を行うためのアプリケーションであるRパッケージ

MultiDataSet: an R package for encapsulating multiple data sets with application to omic data integration

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資料名：
巻： 18 号： Jan ページ： 18:36 (WEB ONLY) 発行年： 2017年01月
JST資料番号： U7025A ISSN： 1471-2105 資料種別：逐次刊行物 (A)
記事区分：原著論文発行国：イギリス (GBR) 言語：英語 (EN)

背景:ゲノムアッセイのコストの削減は,大量の生物医学関連データを生成している。結果として,現在の研究は,同じ被験者において複数の実験を行う。異なるパッケージで実装されたBioconductorの方法とクラスは個々の実験を管理するが,同じ対象からの異なるオミックスデータセットを適切に管理する標準クラスはない。さらに,生物学的データを統合し可視化するように設計されたほとんどのR/Bioconductorパッケージは,サンプルのサブセット設定や選択などの一般的な方法を使わずに,基本的なデータ構造を使用することがしばしばある。結果:このニーズをカバーするため,複数のデータセットをカプセル化するように設計されたBioconductor標準に基づく新しいRクラスのMultiDataSetを開発した。MultiDataSetは,複数のデータセットや不完全なデータセットを管理する際の通常の困難を扱うが,機能をサブセット化してサンプルを選択する簡単で一般的な方法を提供する。MultiDataSetの使用を,第三者パッケージとの統合分析の実行や,オミックスデータ統合のための新しい方法と機能の作成,および任意の生物学的実験からの新しい未実装データをカプセル化といった3つの一般的な状況で説明する。結論:MultiDataSetは,RおよびBioconductorフレームワークでのデータ統合に適したクラスである。(翻訳著者抄録)

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分子・遺伝情報処理

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