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J-GLOBAL ID：201702286530599591   整理番号：17A1397589

StochSoCs:大規模システム生物学のための高性能バイオコンピューティングシミュレーション【Powered by NICT】

StochSoCs: High Performance Biocomputing Simulations for Large Scale Systems Biology

著者 (2件)： Manolakos Elias S. ,  Kouskoumvekakis Elias
資料名： IEEE Conference Proceedings  (IEEE Conference Proceedings)
巻： 2017  号： HPCS  ページ： 921-928  発行年： 2017年 
JST資料番号： W2441A  資料種別： 会議録 (C)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 全細胞スケールで本質的に確率論的生物学的機構の研究を可能にするので大規模生化学的反応ネットワークの確率的シミュレーションは,システム生物学のための非常に重要である。確率的シミュレーションアルゴリズム(SSA)は,複雑な動力学モデルの動的挙動をシミュレートすることを可能にしたが,それらの高い計算コストは,多くの現実的なサイズの問題に対して非常に遅くする。パイロットサービス,StochSoCs研究プロジェクトの文脈で開発された,WebStochは高性能コンピューティング専門知識と生命科学者を可能にするSBML標準フォーマットで記述された大規模生物学的ネットワークモデルのインターネット確率的シミュレーションで実行しないことを示した。事業に登録された生体モデルを自動的に解析し,分散作業者ノード上での並列実行用に配置した。労働者は,複雑な生体モデルの確率的反復の千のシミュレーションを扱うことができ,おそらく千反応と相互作用する種のことをマルチコアとメニーコアプロセッサまたはFPGA加速器を用いて実現した。ベンチマークLCSE生体モデル,負荷需要にスケールできるを用いて,既存の連続シミュレータよりも線形高速化と大きさの二桁以上高いスループットを示した。Copyright 2017 The Institute of Electrical and Electronics Engineers, Inc. All Rights reserved. Translated from English into Japanese by JST【Powered by NICT】

シソーラス用語： 化学反応 ,  インターネット ,  高速化 ,  ベンチマーク ,  *生体モデル ,  スループット ,  シミュレータ ,  確率論 ,  FPGA ,  アルゴリズム ,  相互作用
準シソーラス用語： 高性能コンピューティング ,  計算コスト ,  確率的シミュレーション ,  *システム生物学 , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (1件)： 反応速度論・触媒一般  (CB06010G)

タイトルに関連する用語 (5件)： 大規模システム ,  生物学 ,  高性能 ,  バイオコンピューティング ,  シミュレーション