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J-GLOBAL ID：201702286786802350   整理番号：17A1370405

3D蛋白質-リガンド相互作用フィンガープリントの助けにより現在のスコアリング関数の性能を向上させる

Enhance the performance of current scoring functions with the aid of 3D protein-ligand interaction fingerprints

著者 (7件)： LIU Jie (Shanghai Inst. of Organic Chemistry, Chinese Acad. of Sci.) ,  SU Minyi (Shanghai Inst. of Organic Chemistry, Chinese Acad. of Sci.) ,  LIU Zhihai (Shanghai Inst. of Organic Chemistry, Chinese Acad. of Sci.) ,  LI Jie (Shanghai Inst. of Organic Chemistry, Chinese Acad. of Sci.) ,  LI Yan (Shanghai Inst. of Organic Chemistry, Chinese Acad. of Sci.) ,  WANG Renxiao (Shanghai Inst. of Organic Chemistry, Chinese Acad. of Sci.) ,  WANG Renxiao (Macau Univ. Sci. and Technol.)
資料名： BMC Bioinformatics (Web)  (BMC Bioinformatics (Web))
巻： 18  号： July  ページ： 18:343 (WEB ONLY)  発行年： 2017年07月 
JST資料番号： U7025A  ISSN： 1471-2105  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 背景:構造ベースの薬物設計において,結合親和性予測は,現在のスコアリング関数にとって挑戦的な目標として残っている。標的バイアススコアリング関数の開発は,この問題に取り組む新たな可能性を提供するが,このアプローチは特定の技術的困難にも関連している。著者らはこれまで,別のアプローチとして「Knowledge-Guided Scoring」(KGS)法を報告した(BMC Bioinformatics,2010,11,193-208)。重要な考え方は,適切な参照複合体の既知の結合データに基づいて所与の蛋白質-リガンド複合体の結合親和性を計算することであり,結合親和性予測における誤差を効果的に低減することができる。結果:この研究では,参照選択に3D蛋白質-リガンド相互作用フィンガープリントを使用することによって,アップグレードバージョン,すなわちKGS2を開発した。KGS2の性能を,5つの薬物標的(HIV-1プロテアーゼ,炭酸脱水酵素2,β-セクレターゼ1,β-トリプシンおよびチェックポイントキナーゼ1)に対して4つのスコアリング関数(X-Score,ChemPLP,ASPおよびGoldScore)と組み合わせて評価した。In situスコアリング試験では,KGS2の適用後のほとんどの場合にかなりの改善が観察された。その上,KGS2の性能は,全てのケースで常にKGSよりも優れていた。より困難な分子ドッキング試験において,KGS2の適用はまた,幾つかの場合に構造活性相関の改善をもたらした。結論:KGS2は,現在のスコアリング機能を再構成することなく,便利な「アドオン」として適用することができ,その適用はカスタマイズされたスコアリング機能としての特定の標的蛋白質に限定されない。補間法として,蛋白質リガンド複合体構造および結合親和性データの知識が増すにつれて,原理的に精度をさらに向上させることができる。KGS2が結合親和性予測における現在のスコアリング関数の性能を高めるための実用的なツールになると期待している。KGS2ソフトウェアは,著者に連絡することで利用可能である。(翻訳著者抄録)

シソーラス用語： *関数 ,  *分子間相互作用 ,  指紋 ,  改良 ,  *ドラッグデザイン ,  *親和性 ,  予測 ,  構造 ,  アスパラギン酸プロテイナーゼ ,  ウイルスタンパク質 ,  炭酸アンヒドラーゼ ,  トリプシン ,  セリン/トレオニンキナーゼ ,  原位置試験 ,  性能 ,  *構造活性相関
準シソーラス用語： *スコアリング関数 ,  *蛋白質リガンド相互作用 ,  フィンガープリント ,  性能向上 ,  *構造ベース薬剤設計 ,  *結合親和性 ,  三次元構造 ,  HIV-1プロテアーゼ ,  炭酸脱水酵素II ,  β-セクレターゼ ,  チェックポイントキナーゼ ,  in situ試験 ,  予測性能

分類 (4件)： 理論生物学一般  (EA02010D) ,  生物学的機能  (EB03040U) ,  薬物の構造活性相関  (GV01050B) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (4件)： 3D ,  蛋白質-リガンド相互作用 ,  フィンガープリント ,  スコアリング関数