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J-GLOBAL ID：201702286813016504   整理番号：17A1464409

Chouの擬似アミノ酸組成とウェーブレット雑音除去を用いた低類似配列のための蛋白質構造クラスの予測【Powered by NICT】

Prediction of protein structural class for low-similarity sequences using Chou’s pseudo amino acid composition and wavelet denoising

著者 (15件)： Yu Bin (College of Mathematics and Physics, Qingdao University of Science and Technology, Qingdao 266061, China) ,  Yu Bin (CAS Key Laboratory of Geospace Environment, Department of Geophysics and Planetary Science, University of Science and Technology of China, Hefei 230026, China) ,  Yu Bin (Bioinformatics and Systems Biology Research Center, Qingdao University of Science and Technology, Qingdao 266061, China) ,  Lou Lifeng (College of Mathematics and Physics, Qingdao University of Science and Technology, Qingdao 266061, China) ,  Li Shan (College of Mathematics and Physics, Qingdao University of Science and Technology, Qingdao 266061, China) ,  Li Shan (Bioinformatics and Systems Biology Research Center, Qingdao University of Science and Technology, Qingdao 266061, China) ,  Zhang Yusen (School of Mathematics and Statistics, Shandong University at Weihai, Weihai 264209, China) ,  Qiu Wenying (College of Mathematics and Physics, Qingdao University of Science and Technology, Qingdao 266061, China) ,  Qiu Wenying (Bioinformatics and Systems Biology Research Center, Qingdao University of Science and Technology, Qingdao 266061, China) ,  Wu Xue (College of Mathematics and Physics, Qingdao University of Science and Technology, Qingdao 266061, China) ,  Wu Xue (Bioinformatics and Systems Biology Research Center, Qingdao University of Science and Technology, Qingdao 266061, China) ,  Wang Minghui (College of Mathematics and Physics, Qingdao University of Science and Technology, Qingdao 266061, China) ,  Wang Minghui (Bioinformatics and Systems Biology Research Center, Qingdao University of Science and Technology, Qingdao 266061, China) ,  Tian Baoguang (College of Mathematics and Physics, Qingdao University of Science and Technology, Qingdao 266061, China) ,  Tian Baoguang (Bioinformatics and Systems Biology Research Center, Qingdao University of Science and Technology, Qingdao 266061, China)
資料名： Journal of Molecular Graphics & Modelling  (Journal of Molecular Graphics & Modelling)
巻： 76  ページ： 260-273  発行年： 2017年 
JST資料番号： B0044D  ISSN： 1093-3263  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 蛋白質構造クラスの予測は,蛋白質構造と機能解析,ドラッグデザイン,多くの他の生物学的応用において重要な役割を果たしている。類似性が低い配列のための蛋白質構造クラスの予測は未だ困難な課題である。ウェーブレット雑音除去の理論に基づいて,本論文では,初めて蛋白質構造クラスの予測の新しい方法を示した。最初に,蛋白質配列の特徴をChouの疑似アミノ酸組成(PseAAC)を用いて抽出した。抽出された特徴情報は,二次元(2D)ウェーブレットによる雑音除去である。最後に,最適特徴ベクトルは,蛋白質構造クラスを予測するためのサポートベクトルマシン(SVM)分類器に入力される。三低い類似性蛋白質構造クラスデータセット25pdb,1189と640にジャックナイフ試験を用いた有意な予測結果を得た,結果は,この論文で提案した方法は蛋白質構造クラスの予測精度,蛋白質構造クラスの予測,特に低い類似性配列の信頼性の高いツールを効果的に改善できることを示した以前の方法とこの方法を比較した。Copyright 2017 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： *予測 ,  *タンパク質 ,  機能分析 ,  二次元 ,  *アミノ酸組成 ,  サポートベクトルマシン ,  ドラッグデザイン ,  信頼性 ,  *波束 ,  類似性 ,  *雑音除去
準シソーラス用語： 予測精度 ,  特徴ベクトル ,  *蛋白質構造 ,  *ウェーブレット雑音除去 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (4件)： 蛋白質構造クラス予測 ,  擬似アミノ酸組成 ,  二次元ウェーブレット雑音除去 ,  サポートベクトルマシン

分類 (3件)： 分子構造  (EB03020Y) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B) ,  蛋白質・ペプチド一般  (EB03010N)

タイトルに関連する用語 (7件)： 擬似 ,  アミノ酸組成 ,  ウェーブレット雑音除去 ,  類似 ,  蛋白質構造 ,  クラス ,  予測