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J-GLOBAL ID：201702287320518038   整理番号：17A1253902

SADE SPL:PSP問題のためのループ構造パターンライブラリを用いた自己適応微分進化アルゴリズム【Powered by NICT】

SADE-SPL: A Self-Adapting Differential Evolution algorithm with a loop Structure Pattern Library for the PSP problem

著者 (3件)： Oliveira Mariana (Center for Biotechnology, Structural Bioinformatics and Computational Biology Lab, Federal Univ. of Rio Grande do Sul, Porto Alegre - Brazil) ,  Borguesan Bruno (Institute of Informatics, Structural Bioinformatics and Computational Biology Lab, Federal Univ. of Rio Grande do Sul, Porto Alegre - Brazil) ,  Dorn Marcio (Institute of Informatics, Structural Bioinformatics and Computational Biology Lab, Federal Univ. of Rio Grande do Sul, Porto Alegre - Brazil)
資料名： IEEE Conference Proceedings  (IEEE Conference Proceedings)
巻： 2017  号： CEC  ページ： 1095-1102  発行年： 2017年 
JST資料番号： W2441A  資料種別： 会議録 (C)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 蛋白質分子の立体配座に関する知識はその生物学的機能の推論と研究を可能にする。蛋白質機能はその形状とその曝露表面の物理化学的特性により決定されるので,正確な蛋白質モデルを予測するために非常に重要である。構造バイオインフォマティックスにおける最も困難な問題の一つは,そのアミノ酸配列(一次構造)のみから蛋白質の三次元構造の予測と関連している。ポリペプチド鎖は,その全体的方向を逆転する場合のコイルとターンは蛋白質の二次構造の要素であるこれらの構造を予測することが最も困難な二次構造と考えられている。本論文では,蛋白質の立体配座探索空間を制約することを目指して蛋白質データバンクから抽出した実験情報を用いて作成したループ構造パターンライブラリ(SPL)を提案した。自己適応微分進化(SADE)メタヒューリスティックを知識として構造パターンライブラリを用いた三次蛋白質構造予測問題のために実装した。SADEアルゴリズムを(SADE SPL)と構造パターンライブラリなしで試験した。保存された結果は,構造パターンライブラリを用いた場合に最低の根平均二乗偏差値が得られたことを示した。平均GDT TSは全てSADE SPL例で高かった。それによって,著者らの結果は,SADEメタヒューリスティックのSPL応用知識はSPLなしSADE応用よりも実験構造に近い三次元蛋白質構造を予測することができることを示すことが可能になった。Copyright 2017 The Institute of Electrical and Electronics Engineers, Inc. All Rights reserved. Translated from English into Japanese by JST【Powered by NICT】

シソーラス用語： ポリペプチド ,  タンパク質 ,  *ループ構造 ,  二次構造 ,  立体配座 ,  アミノ酸配列 ,  *アルゴリズム ,  三次元
準シソーラス用語： 蛋白質構造 ,  蛋白質構造予測 ,  *微分進化 ,  蛋白質データベース ,  立体配座解析 ,  バイオインフォマティクス ,  *自己適応 , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (1件)： 分子構造  (EB03020Y)

タイトルに関連する用語 (7件)： SPL ,  PSP ,  問題 ,  ループ構造 ,  ライブラリ ,  自己適応 ,  微分進化アルゴリズム