多重に拘束された最適化による単一細胞の配列決定データの必要性コピー数変異体【Powered by NICT】

Xu Bo; Cai Hongmin; Zhang Changsheng; Yang Xi; Han Guoqiang

文献

J-GLOBAL ID：201702287995133598 整理番号：17A0323571

多重に拘束された最適化による単一細胞の配列決定データの必要性コピー数変異体【Powered by NICT】

Copy number variants calling for single cell sequencing data by multi-constrained optimization

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資料名：
巻： 63 ページ： 15-20 発行年： 2016年
JST資料番号： H0201B ISSN： 1476-9271 CODEN： COCHDK 資料種別：逐次刊行物 (A)
記事区分：原著論文発行国：イギリス (GBR) 言語：英語 (EN)

DNAコピー数の変化は癌細胞におけるDNA複製のゲノム進化と調節に関する重要な情報を持っている。単細胞配列決定技術の急速な発展は単一細胞間の遺伝子発現不均一性を調査する事を可能にし,重要な癌細胞進化情報を提供した。単細胞DNA/RNA配列データは通常低ゲノム範囲,十分な試料を蓄積する増幅の余分な段階を必要とした。しかし,そのような増幅は大きなバイアスを導入するとバイオインフォマティクス解析を困難にする。正確に配列データの分布モデリングとバイアス影響を効果的に抑制する変動解析を成功するための鍵である。最近の進歩は,増幅による技術的雑音が負の二項分布,Poisson分布の特別な場合を追跡する可能性が高いを実証した。二制約,根底にある信号はPoisson分布雑音による劣化を含む二次最適化問題に定式化することにより問題CNV検出に取り組んでいる。スパース性と平滑性の制約を課すことにより,単細胞配列データから再構築した読取深さ信号はCNVパターンに適合より正確に予想される。古典的交互方向最小化法(ADMM)に基づく効率的な数値解を,提案したモデルを解くために調整した。合成,実験的単一細胞配列決定データを用いて提案した方法の利点を実証した。著者らの実験結果は,提案した方法は,単一細胞配列決定データと成功の優れた性能と高い有望性を達成することを示した。Copyright 2017 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

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分子・遺伝情報処理 , 遺伝子操作 , 分子構造

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