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J-GLOBAL ID：201702288629600238   整理番号：17A1635223

接触地図情報を用いたde novo蛋白質構造予測の改善【Powered by NICT】

Improving de novo protein structure prediction using contact maps information

著者 (5件)： Santos Karina B. (The National Laboratory for Scientific Computing (LNCC), Av. Getu ́lio Vargas 333, 25651-070 Petro ́polis RJ, Brazil) ,  Rocha Gregorio K. (The National Laboratory for Scientific Computing (LNCC), Av. Getu ́lio Vargas 333, 25651-070 Petro ́polis RJ, Brazil) ,  Custodio Fabio L. (The National Laboratory for Scientific Computing (LNCC), Av. Getu ́lio Vargas 333, 25651-070 Petro ́polis RJ, Brazil) ,  Barbosa Helio J. C. (The National Laboratory for Scientific Computing (LNCC), Av. Getu ́lio Vargas 333, 25651-070 Petro ́polis RJ, Brazil) ,  Dardenne Laurent E. (The National Laboratory for Scientific Computing (LNCC), Av. Getu ́lio Vargas 333, 25651-070 Petro ́polis RJ, Brazil)
資料名： IEEE Conference Proceedings  (IEEE Conference Proceedings)
巻： 2017  号： CIBCB  ページ： 1-6  発行年： 2017年 
JST資料番号： W2441A  資料種別： 会議録 (C)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 蛋白質構造予測(PSP)における残基-残基接触マップの使用は,過去CASP年版(CASP10,11と12)中に期待されることが証明されている。本研究の目標は,接触マップにより与えられた情報の評価を行い,de novo PSPアプローチにおける予測モデルの品質を改善するためにこれらのマップからの接触制約を利用する戦略を開発することである。接触マップからの情報と,残基-残基ポテンシャルは距離制約の形で提案した。このポテンシャルはGAPFプログラムの適応度関数,自由モデリングアプローチにおける表現型叢生を伴う遺伝的アルゴリズムを用いた蛋白質構造を予測するに追加した。二接触マップは,ここで開発した可能性を評価した(i)実験構造から直接得た天然接触マップと,(ii)自然接触だけでろ過接触マップはMetaPSICOVによって予測されたマップで示した。行った実験は,GAPFプログラムに実装した接触電位は予測の精度の重要な改善を促進し,de novo PSP方法論のための有用な戦略としての接触マップの使用を確認したことを示した。著者らの結果は,フィルタへのより良い戦略を開発し,予測された接触の情報を強化する必要性を強調した。Copyright 2017 The Institute of Electrical and Electronics Engineers, Inc. All Rights reserved. Translated from English into Japanese by JST【Powered by NICT】

シソーラス用語： 品質 ,  表現型 ,  フィルタ ,  *遺伝的アルゴリズム ,  予測モデル
準シソーラス用語： *蛋白質構造 ,  適応度関数 ,  残基 ,  *蛋白質構造予測 ,  *地理情報 , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (1件)： 分子構造  (EB03020Y)

タイトルに関連する用語 (2件)： 地図情報 ,  蛋白質構造予測