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J-GLOBAL ID：201702289911389272   整理番号：17A0056217

JULiP:複数のRNA-seq試料からの正確なイントロン選択のための効率的なモデル【Powered by NICT】

JULiP: An efficient model for accurate intron selection from multiple RNA-seq samples

著者 (2件)： Guangyu Yang (Department of Computer Sciencece, Johns Hopkins University, USA) ,  Florea Liliana (McKusick-Nathans Institute of Genetic Medicine, Johns Hopkins School of Medicine, USA)
資料名： IEEE Conference Proceedings  (IEEE Conference Proceedings)
巻： 2016  号： ICCABS  ページ： 1-6  発行年： 2016年 
JST資料番号： W2441A  資料種別： 会議録 (C)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 遺伝子調節と機能を特性化し,発生および疾患を理解するために必須である正確な選択的スプライシング検出と転写再構成。しかし,RNA-seqデータからのスプライシング変化を抽出するための現在の方法は単一サンプルのみ,転写再構成を制限し,完全なセットの選択的スプライシング事象を検出できないからの信号を解析した。スプライス接合(イントロン)の形で選択的スプライシング変異を同定するための多重試料間の情報を分析する,JULiP,新しい特徴選択法を開発した。正則化プログラムとして選択問題を定式化し,正確で包括的なイントロン集合を構築する複数のRNA-seq試料から潜在情報を利用した。JULiPは高度に正確であり,高いかまたは同等の精度(>98%)で,最も敏感な単一試料法よりも30%以上,及び試料の累積セットより10%多いイントロン>,1つの試料中の千イントロンを検出することができた。試験したアセンブラはCufflinks,CLASS2,StringTieとFlipFlop,多試料アセンブラISPを含んでいた。JULiPはマルチスレッド,並列化,マルチコンピュータクラスタ上の100までのデータセットを解析し,わずか1minし,容易に百の解析と千RNA-seqの試料を可能にするためにスケールアップできる。Copyright 2017 The Institute of Electrical and Electronics Engineers, Inc. All Rights reserved. Translated from English into Japanese by JST【Powered by NICT】

シソーラス用語： 選択的スプライシング ,  特徴選択 ,  *イントロン ,  再構成 ,  正則化 ,  マルチスレッド ,  選択問題 ,  キャラクタリゼーション ,  スケールアップ ,  多重化 ,  *RNA【核酸】 ,  定式化 ,  遺伝子発現調整 ,  遺伝的変異 ,  分子遺伝現象 ,  遺伝
準シソーラス用語： 遺伝的調節 ,  変異 , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (2件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B) ,  遺伝子発現  (EC02040Q)

タイトルに関連する用語 (4件)： RNA-seq ,  試料 ,  イントロン ,  モデル