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J-GLOBAL ID：201702290079124336   整理番号：17A0060616

普通タバコWRKY遺伝子ファミリーの同定と発現解析【JST・京大機械翻訳】

Genome-wide identification and expression analysis of the WRKY gene family in common tobacco (Nicotiana tabacum L.)

著者 (8件)： Xiang Xiaohua (Tobacco Research Institute of CAAS, Key Laboratory of Tobacco Genetic Improvement and Biotechnology, CAAS) ,  Wu Xinru (Tobacco Research Institute of CAAS, Key Laboratory of Tobacco Genetic Improvement and Biotechnology, CAAS) ,  Chao Jiangtao (Tobacco Research Institute of CAAS, Key Laboratory of Tobacco Genetic Improvement and Biotechnology, CAAS) ,  Yang Minglei (Tobacco Research Institute of CAAS, Key Laboratory of Tobacco Genetic Improvement and Biotechnology, CAAS) ,  Yang Fan (Yunnan Tobacco Company Dalizhou Branch) ,  Chen Guo (Tobacco Research Institute of CAAS, Key Laboratory of Tobacco Genetic Improvement and Biotechnology, CAAS) ,  Liu Guanshan (Tobacco Research Institute of CAAS, Key Laboratory of Tobacco Genetic Improvement and Biotechnology, CAAS) ,  Wang Yuanying (Tobacco Research Institute of CAAS, Key Laboratory of Tobacco Genetic Improvement and Biotechnology, CAAS)
資料名： Yichuan  (Yichuan)
巻： 38  号： 9  ページ： 840-856  発行年： 2016年 
JST資料番号： C2546A  ISSN： 0253-9772  CODEN： ICHUDW  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： 中国 (CHN)  言語： 中国語 (ZH)

抄録/ポイント： WRKY遺伝子ファミリーコーディング産物はWRKY保存ドメインを含む転写因子(TRANSCRIPTION FACTORS,TFS)であり、植物の生長発育、ストレス応答などの過程において重要な役割を果たす。現在、多くの植物でWRKY遺伝子ファミリーが同定されているが、普通タバコ(NICOTIANA TABACUM L.)におけるWRKYファミリーの系統的な同定と分析はまだ報告されていない。本研究では、WRKY保存保存タンパク質配列PF03106を用いて、普通タバコタンパク質配列を検索し、WRKYファミリー候補配列164個を獲得した。多くの生物情報学ソフトウェアを用いて、このファミリーメンバーに対して系統樹、保存領域、亜細胞定位予測、染色体定位と組織発現などの分析を行った。グループ同定と進化分析の結果は,164の候補NTWRKY蛋白質がI,II,およびIIIの3つのサブファミリーに分類されることを示した。その中、II型はサブファミリー、,とII-Eに分けられ、5つの亜群に分けられる。WRKYドメイン分析の結果,多くの遺伝子は2~5のエキソンからなり,各メンバー間のコアドメインは高度に保存され,WRKYボックスと亜鉛フィンガー構造を含むことが示された。亜細胞の定位予測の結果により、大部分のNTWRKYのメンバーは核の中に定位し、核遺伝子の転写制御に参与することが分かった。一方、第IIIサブファミリーの大部分のメンバー(74%)は細胞質の基質に定位し、細胞質遺伝子の転写制御に参与する可能性がある。染色体の定位結果により、154個のNTWRKY遺伝子が24本の染色体に位置し、不均一に分布し、6番染色体上に分布が最も多く、16個の候補遺伝子があり、10番染色体上に分布が最も少なく、1つの候補遺伝子のみがあることが分かった。組織発現解析の結果,大部分のNTWRKY遺伝子はタバコの根,茎,葉に発現しているが,異なる遺伝子間の発現パターンに差があり,タバコのNTWRKYファミリーの異なるメンバーが機能的に多様性を持つ可能性が示唆された。遺伝子NTWRKY26,NTWRKY30,NTWRKY32の発現パターンは, 病原菌(PHYTOPHTHORA PARASITICA VAR. NICOTIANAE)により誘導されることが分かった。これらの結果は,タバコ- 病原菌の相互作用機序と関連している可能性が本研究は、普通タバコのWRKY転写因子の生長発育過程における役割を研究するために、関連する理論的基礎を提供するだけでなく、普通タバコのWRKY遺伝子の更なる分析に価値ある情報を提供した。Data from the ScienceChina, LCAS. Translated by JST【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 染色体 ,  系統樹 ,  基質 ,  *たばこ ,  定位 ,  *遺伝子 ,  遺伝子発現パターン ,  候補遺伝子 ,  転写調節 ,  亜鉛フィンガー ,  バイオインフォマティクス ,  ストレス応答 ,  *遺伝子発現プロファイリング ,  *遺伝子ファミリー
準シソーラス用語： *WRKY蛋白質 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： Nicotiana tabacum L. ,  WRKY gene family ,  transcription factor ,  bioinformatics ,  gene expression

分類 (2件)： 遺伝子発現  (EC02040Q) ,  進化論一般  (EC03010Q)

タイトルに関連する用語 (5件)： タバコ ,  WRKY ,  遺伝子ファミリー ,  同定 ,  発現解析