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J-GLOBAL ID：201702290216250135   整理番号：17A0376331

Desulfovibrio vulgaris(MF)からのフラビンモノヌクレオチド結合蛋白質二量体の2のサブユニット間の立体配座差:分子動力学シミュレーション【Powered by NICT】

Conformational difference between two subunits in flavin mononucleotide binding protein dimers from Desulfovibrio vulgaris (MF): molecular dynamics simulation

著者 (7件)： Nunthaboot Nadtanet (Department of Chemistry and Center of Excellence for Innovation in Chemistry, Faculty of Science, Mahasarakham University, Mahasarakham, 44150, Thailand) ,  Lugsanangarm Kiattisak (Program of Chemistry, Faculty of Science and Technology, Bansomdej Chaopraya Rajabhat University, Bangkok 10600, Thailand) ,  Pianwanit Somsak (Department of Chemistry, Faculty of Science, Chulalongkorn University, Bangkok 10330, Thailand) ,  Kokpol Sirirat (Department of Chemistry, Faculty of Science, Chulalongkorn University, Bangkok 10330, Thailand) ,  Tanaka Fumio (Division of Laser Biochemistry, Institute for Laser Technology, Utsubo-Honmachi, 1-8-4, Nishiku, Osaka 550-0004, Japan) ,  Nakanishi Takeshi (Department of Applied Chemistry and Bioengineering, Graduate School of Engineering, Osaka City University, Osaka 558-8585, Japan) ,  Kitamura Masaya (Department of Applied Chemistry and Bioengineering, Graduate School of Engineering, Osaka City University, Osaka 558-8585, Japan)
資料名： Computational Biology and Chemistry  (Computational Biology and Chemistry)
巻： 64  ページ： 113-125  発行年： 2016年 
JST資料番号： H0201B  ISSN： 1476-9271  CODEN： COCHDK  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： WT(野生型),E13K(Glu13Lysで置換),E13R(Glu13Argで置換),E13T(Thrで置換Glu13)とE13Q(Glu13Glnで置換),五FMN結合蛋白質(FBP)二量体の構造的及び動力学的性質を分子動力学シミュレーション(MDS)法を用いて調べた。結晶構造では,サブユニットA(I)とサブユニットB(II)は全五FBP二量体のほぼ完全に同等であった。しかし,二サブユニットの予測されたMDS構造は溶液中で等価でなかったことはイソアロキサジン(Iso)及び芳香族アミノ酸(Trp32,Tyr35とTrp106)間の距離と平面間角だけでなく,Isoと近傍アミノ酸間の水素結合対によって明らかにされた。平均二乗揺らぎ(RMSF)の残留根もサブAおよびサブBと五FBP二量体におけるかなりの差異をdisplaid。全蛋白質構造の動力学をN末端(Met1)のペプチドN原子とC末端(Leu122)のペプチドN原子間の距離(RNN)で調べた。水分子は他のフラビン酵素とは対照的である全てのFBP二量体中のIsoに希であった。Copyright 2017 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： *立体配座 ,  フラビン酵素 ,  水素結合 ,  *二量体 ,  ゆらぎ ,  野生型 ,  *サブユニット ,  水分子 ,  結晶構造 ,  *Desulfovibrio
準シソーラス用語： C末端 ,  アミノ末端 ,  蛋白質構造 ,  *分子動力学シミュレーション ,  *結合蛋白質 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： FMN結合蛋白質 ,  イソアロキサジン ,  RMSF ,  蛋白質動力学 ,  分子動力学シミュレーション ,  水素結合

分類 (2件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B) ,  分子構造  (EB03020Y)

タイトルに関連する用語 (8件)： Desulfovibrio ,  MF ,  フラビンモノヌクレオチド ,  結合蛋白質 ,  二量体 ,  サブユニット ,  立体配座 ,  分子動力学シミュレーション