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J-GLOBAL ID：201702290861606665   整理番号：17A0856884

輸送体システムのゲノムワイド半自動注釈【Powered by NICT】

Genome-Wide Semi-Automated Annotation of Transporter Systems

著者 (7件)： Dias Oscar (Centre of Biological Enginnering, University of Minho, Campus de Gualtar, Braga, Portugal) ,  Gomes Daniel (Centre of Biological Enginnering, University of Minho, Campus de Gualtar, Braga, Portugal) ,  Vilaca Paulo (SilicoLife Lda., Rua do Canastreiro 15, Braga, Portugal) ,  Cardoso Joao (SilicoLife Lda., Rua do Canastreiro 15, Braga, Portugal) ,  Rocha Miguel (Centre of Biological Enginnering, University of Minho, Campus de Gualtar, Braga, Portugal) ,  Ferreira Eugenio C. (Centre of Biological Enginnering, University of Minho, Campus de Gualtar, Braga, Portugal) ,  Rocha Isabel (Centre of Biological Enginnering, University of Minho, Campus de Gualtar, Braga, Portugal)
資料名： IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics  (IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics)
巻： 14  号： 2  ページ： 443-456  発行年： 2017年 
JST資料番号： W1409A  ISSN： 1545-5963  CODEN： ITCBCY  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 通常,輸送反応は実験データと文献に基づくゲノム規模代謝モデル(GSMM)に添加した。このアプローチは輸送反応,遺伝子欠失の影響を予測するモデルの能力を損なうとの特異的遺伝子を可能にしなかった。GSMMsへの系統的ゲノムワイド輸送体機能アノテーションとその統合のための新しい方法は,が必要である。本研究では,与えられたゲノムのためのすべての潜在的膜輸送蛋白質を検出し,分類および関連反応を統合GSMMsに自動システムを提案し,膜貫通蛋白質をコードする遺伝子の同定と分類に基づいている。輸送反応アノテーションと生成(トリアージ)ツールは,各々の膜貫通蛋白質とその輸送体ファミリーによって輸送された代謝産物を同定した。キャリアの局在化も予測され,その結果,それらの作用は与えられた膜に限定される。高度に管理されたモデルによるトリアージにより提供されたデータの統合は,新しい輸送反応の同定を可能にした。トリアージはメルリン,著者らによって以前に開発されたソフトウェアツールの新しい放出,GSMM再構成過程を促進するに含まれている。Copyright 2017 The Institute of Electrical and Electronics Engineers, Inc. All Rights reserved. Translated from English into Japanese by JST【Powered by NICT】

シソーラス用語： 代謝産物 ,  代謝 ,  再構成 ,  モデル ,  膜貫通タンパク質 ,  *アノテーション ,  遺伝子欠損 ,  トリアージ ,  *ゲノム ,  支援プログラム ,  遺伝子
準シソーラス用語： メルリン ,  局在化 ,  膜輸送蛋白質 ,  *輸送体 , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (1件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (3件)： 輸送体 ,  ゲノム ,  注釈